大事记
五 代
僧清浩，在五老峰山麓依岩结茅修行，称泗洲（岩），是为鹭岛（今厦门本岛）见于记载的第一座住僧山岩。
宋 代
治平年间（1064—1067年），文翠禅师在五老峰原泗洲（岩）旧址结茅禅修，改称“无尽岩”。
明 代
洪武十八年（1385年）
同安天兴寺觉光和尚燃指断臂，倡修苦行，被县官视为异端，流放鹭岛。时岛上无任何住僧寺院，乃暂居五老峰下宋僧禅修旧址无尽岩，并于岩壁亲题“息心断臂”四字，以明心志。
永乐初年（1403年）
觉光和尚在无尽岩下谋建普照寺，殿堂毕具。到洪熙元年(1425年)，住僧达八九十人。
万历年间（1573―1620年）
寺僧雾云在普照寺上侧建碧云岩（又称石室岩），明末清初废。
崇祯年间（1628—1644年）
厦门普照寺因寺租流失开始衰败，据崇祯十三年（1640年）太常寺卿林宗载《田租入寺志》记载，普照寺至断臂禅师时“租乃大旺”，后因“农田水租多入豪右”，租入不足以供国课，因而香灯不继，当时住持老僧了蕴亦准备弃寺而去。林氏乃将其子所购寺租田种一石八斗献归寺方，并立碑以记其事。
泉州开元寺诗僧明光来厦驻锡普照寺，与名士阮旻锡、叶名高等唱和，交往甚密，后得诸名士支持，重修普照寺，使香灯不灭，振作中兴，殿堂亦初具规模。
清 代
顺治十一年（1654年）
五月，黄檗宗隐元和尚及其弟子从厦门乘郑成功商船赴日本传教。隐元后被尊为日本佛教黄檗宗开宗祖师。
顺治十三年（1656年）
隐元和尚弟子木庵禅师应召从厦门东渡日本长崎，助其师隐元开建日本万福寺，寺为日本黄檗宗祖庭。木庵禅师后又在日本长崎、京都等地建寺十座，被尊为黄檗宗第二代祖师。
康熙二十三年（1684年）
靖海侯施琅将军平定台湾后驻镇厦门，捐俸为倡，重建普照寺殿堂，改称“南普陀寺”，并在大雄宝殿后新建一座专供观音菩萨的大悲殿。施琅恭请临济三十五代宗师慧日禅师住持南普陀寺，是为南普陀寺开山第一代祖师。
康熙四十七年（1708年）
冬，南普陀寺开山祖师慧日禅师圆寂，翌年春，其弟子通意法师于寺后建慧日禅师舍利塔。
乾隆年间（1736—1795年）
南普陀寺住持如渊和尚改太平观为佛教道场，称“太平岩”。又应厦门士绅之请，于南普陀寺西侧建龙王庙。道光年间迁至海边，改称龙泉宫。
乾隆三十九年（1774年）六月，朝廷颁布废止僧人出家，官给度牒制度。从此，僧侣得以自由收度弟子，不受官府限制。
乾隆五十三年（1788年）
南普陀寺前竖立御制碑四块八段，并建四座碑亭以护，称“御碑亭”。碑文为清高宗乾隆皇帝亲撰，记述平定台湾林爽文起事等战功。
与建御碑亭的同时，住持景峰和尚对梵宇殿堂进行全面翻新改建，改大悲殿为八角型亭阁式的大悲阁，采用闽南古建筑特艺无架柱结构的斗拱，层层迭架至结顶三重飞脊，称“蜘蛛结网”。
道光十一年（1831年）
省已法师募资重修南普陀寺殿堂。
道光十二年（1832年）
七月初五日，兴泉永道尹周凯及进士杨庆琛、水师营将孙云鸿、举人吕世宜朝参南普陀寺，并在后山刻字留念。
咸丰年间（1851—1861年）
漳州南山寺有情（真衷）和尚住持南普陀寺。同治初，因南山寺遭兵毁，有情和尚回漳州重修寺宇，召其徒佛乘来寺代住持。佛乘任上，也因协助其师修建南山寺，往来漳厦之间，不在时，寺务由监院代管。
光绪二十一年（1895年）
喜参和尚由鸿山寺移锡住持南普陀寺，募资新修殿宇堂舍。后于光绪二十九年（1903年）和光绪三十一年（1905年）两次开堂授戒，十方缁素数百人前来受戒，促使闽南道风日盛。
光绪三十年（1904年）
漳州佛化和尚应厦门广善堂佛教徒的邀请，率领弟子多人来厦，在荷庵小岛（今中山公园内）启建水陆大法会，小岛为之拥塞，盛况空前。后佛化和尚应喜参和尚之请，住持南普陀寺。
光绪三十四年（1908年）
十月初六日（10月30日），美国海军额墨利提督率舰队访问厦门，清政府在南普陀寺前演武亭开会欢迎，联两国之邦交，诚一时之盛典。舰队某炮舰舰长将三尊由南洋请来的玉佛坐像敬奉南普陀寺供养。
宣统二年（1910年）
一代高僧虚云和尚为赴京迎请《乾隆版大藏经》（简称《龙藏》）事，从云南来厦，邀请南普陀寺监院转道和尚协助；回程复经厦门，郑重委托转道协助办理藏经通过南洋运转云南事宜。
宣统三年（1911年）
六月初八日，住持喜参和尚于南普陀寺圆寂。
是年，南普陀寺监院转道迁建慧日禅师和尚舍利塔于寺东侧凌峰山麓，并扩建左右两塔，左称“历代住持和尚宝塔”，右称“重兴南普陀性谛参和尚塔”。塔周建石栏、石阶，现仍保护完好，供僧众参拜。
民国时期
民国元年（1912年）
福建成立“中华佛教总会福建分会”，闽南同时成立“漳泉永龙汀佛教分会”，公推南普陀寺住持佛化和尚为会长，设办事处于南普陀寺。
民国二年（1913年）
厦门本岛独立建置，称“思明县”。
民国七年（1918年）
南普陀寺大悲殿遭火灾。
民国九年（1920年）
转逢和尚任南普陀寺住持，并和监院性愿和尚合力募资重建大悲殿。
是年，性愿和尚于南普陀寺创办“景峰佛学社”，亲授《大乘起信论》。瑞今法师、广心为助理讲师，并礼聘居士杜万空任国文教习。每天听课学员达七十多人。
香港商人蒋以德居士捐献巨资，重修南普陀寺大雄宝殿和钟鼓楼。
民国十年（1921年）
4月6日，爱国华侨陈嘉庚在南普陀寺东创建厦门大学，由南普陀寺让出大片土地，作为厦门大学建校基地。
是年，会泉法师首次剃度女弟子宏定尼师，是为近代闽南第一位落发出家比丘尼。
民国十二年（1923年）
岁末，北京“中华佛化新青年会总会”总干事张宗载和宁道蕴居士，应邀来厦，协助开展佛化运动。
民国十三年（1924年）
3月，厦门佛教居士叶青眼、蔡吉堂、王振邦等人发起组织“闽南佛化新青年会”，成立“佛化新青年世界宣传队”，创办《佛音》会刊，组织“念佛会”、“演讲会”，在厦门以至漳州、泉州各地，开展广泛的“佛化”宣传。在闽南佛教史上，首开厦门佛教居士登坛说法新河。
是月，住持转逢和尚将原临济宗喝云派所属的南普陀寺，改为选贤制的十方丛林，推选虎溪岩派的会泉和尚为首任方丈，首次打破闽南佛门子孙传承制度，填补厦门寺院历史上没有十方丛林的空白。
民国十四年（1925年）
秋，转逢和尚协同南普陀寺方丈会泉和尚创办闽南佛学院（简称“闽院”），为福建第一所新型的僧伽教育高等学府。会泉兼任院长，聘请安徽佛教学校导师释常惺为副院长，主持院务工作。于八月十五日中秋节，学院举行开学典礼，首届共招收学僧74人，分“普通科”与“专修科”。后又增设“小学部”。
民国十五年（1926年）
10月18日，太虚大师首次来厦门，会泉和尚、转逢和尚及居士蔡吉堂、王振邦等在南普陀寺举办盛大欢迎会，太虚法师对南普陀寺创办佛学院和闽南佛化新青年会的弘法活动十分赞赏。
是年，会泉和尚在南普陀寺启建水陆大法会。
会泉和尚在鸿山寺设立“厦门佛教弘誓会”。
民国十六年（1927年）
3月，南普陀寺首届方丈会泉和尚三年任满，推举太虚大师继任。公推转逢和尚往上海礼聘。
4月29日，太虚大师应聘来厦，就任南普陀寺第二届方丈兼闽院院长。
9月27日，太虚大师主持闽院秋季开学典礼，并为学僧讲《救僧运动》。
年底，闽院少数学僧乘院长太虚大师和副院长常惺法师不在时，煽动反对常住的风潮，局面混乱，一时失控。太虚大师闻讯，指派弟子大醒、芝峰、寄尘等法师来厦处理学潮和进行整顿。组织临时教务委员会，制订组织大纲。以大醒法师为临时教务委员会秘书，广甫为会计，广箴为庶务，笑溪为书记。聘蕙庭、会觉、陈定谟、郝内衡、神田、芝峰、大醒、寄尘为教授。经过一番整顿，学僧所剩无几，学院暂时停课。翌年七月，学院出台新规章，向全国发布招生简章，招取新学僧。
民国十七年（1928年）
3月，闽院创办《现代僧伽》月刊。
8月，太虚大师赴欧美弘法，历经荷、比、法、德、英、美各国，次年回国。南普陀寺务由转逢长老代理，闽院事务由觉三法师代理。
11月4日（九月二十三日），南普陀寺观音殿香炉失火，导致全殿焚毁，都监转逢和尚等发起募捐重建，历时四年有余，至民国二十二年（1933年）2月1日落成，改名“大悲殿”。
是月，著名高僧弘一法师首次入闽，小住南普陀寺，受到会泉、性愿诸法师热诚接待。弘一法师原欲往暹罗行脚，因陈嘉庚胞弟陈敬贤居士挽请鹭江小住，后因身体不适，移太平岩静养，从此与闽院深结善缘，长期居留。住寺期间，弘一法师手书《悲智训》赠闽院学僧：“有悲无智，是曰凡夫。悲智俱足，乃名菩萨。我观仁等，悲心深切。当更精进，勤求智慧。智慧之基，曰戒曰定。依此智慧，方能利生。”
民国十八年（1929年）
是年，太虚大师游历欧美各国归来，亲自主持闽院工作。闽院选拔学院英文成绩较好的学僧，另成立“锡兰留学团”于漳州南山寺学习英文以备留学，并改南山学校为闽南佛学院第二院，又将厦门闽南佛学院丙、乙二级一部分学僧转学入第二院。
会泉和尚应邀赴台湾龙湖寺讲经，并协助举办水陆大法会。
《现代僧伽》改为以两期合刊，每月出一号，逢1日出版。
民国十九年（1930年）
2月，太虚法师在闽院为学僧讲授《大乘位与大乘各宗》、《西洋哲学与印度哲学概观》以及《建设现代中国僧制大纲》。
3月13日，太虚大师为闽院学僧讲《弥勒经大意》。16日，太虚法师在南普陀开讲《普门品》，至观音诞日圆满。
春季，闽院甲级学僧二十余人毕业。
4月，太虚大师因任期将满，辞南普陀寺方丈兼闽院院长职务。经大众恳留，应允连任第三任方丈兼闽院院长。
5月6日(四月初八日)，佛诞纪念，太虚法师在闽院开讲《纪念释迦牟尼佛》。27日(四月十一日)，太虚大师离厦赴沪。
夏，闽院增设研究部，研究部设法相唯识系、法性般若系、小乘俱舍系、中国佛学系、融通应用系等五个系，供学僧选习。芝峰法师、大醒法师分别任正、副研究长。
9月，北平世界佛学苑(华英文系)柏林教理院成立，台源法师、常惺法师任院长。闽南佛学院漳州南山寺锡兰留学团移柏林教理院。
是年，厦门市政规划筹建中山公园，将妙释寺圈入园内。妙释寺住持善琳不服，厦门堤工处强行遣散寺僧，函请南普陀寺收为下院，聘瑞今法师住持。几经交涉，至民国二十二年（1933年），妙释寺复归原寺僧人住持。
民国二十年（1931年）
3月8日，思明县（今厦门市）佛教会正式成立，推选中国佛教会主席太虚法师兼任主席，释大醒、释觉斌、居士蔡契诚（吉堂）、冯重熙等七人为执行委员，会泉、转逢等五人为监察委员，设会址于妙释寺。
3月15日，思明县佛教会于闽院举行执、监委员就职典礼。思明县县长杨廷枢、高等法院分院院长王廷一、商会会长洪鸿儒及司令部、公安局其他各机关代表等应邀参加。
3月16日(正月二十八日)，太虚大师为闽院学僧开讲《学僧修学纲要》。下旬，太虚大师离开厦门往江苏、北京、上海、陕西、河南、浙江等地，以大醒法师为代院长。
4月，《现代僧伽》改为季刊重新出版，篇幅较以前扩大。其中每期“研究”栏目刊登闽院研究部学员的佛学研究论文。
8月初，代院长大醒法师派学僧印顺往福州鼓山涌泉佛学院任课。印顺于年底返回厦门。
是年，圆瑛法师应思明县佛教会邀请来厦门讲经传法。
民国二十一年（1932年）
10月25日(农历九月二十六日)，太虚大师来闽院主持工作。29日(十月初一日)，太虚大师在闽院作《现代僧教育的危亡与佛教的前途》开示。
10月，弘一法师来厦门，12月在妙释寺讲《人生之最后》。翌年2月，又在万石岩开讲《随机羯磨》。
是年，《现代僧伽》更名《现代佛教》，改为月刊，计划全年出版10册（6、7月休刊），实际出版8期，即宣告暂时停刊。其中第6、7期为闽院第三届毕业生论文专辑。此后，大醒法师将《现代佛教》迁至汕头，以周刊继续出版。
民国二十二年（1933年）
2月，南普陀寺方丈太虚大师主持修建后山“阿耨达池”（蓄水池）完成，同时制定水池区管理规则，并建“兜率院”保护水池。从此解决南普陀寺住僧缺水问题。
5月，由虞愚居士和寄尘上人编纂的《厦门南普陀寺志》出版。全书分寺考、法制、教育、列传、法物、文艺、公牍等七篇，如实详载了自民国十三年（1924年）南普陀寺改制为十方丛林前后至民国二十二年（1933年）十年的历史沿革。
是年，太虚大师连任南普陀寺方丈期满，引退回沪，大醒、芝峰二法师也相继辞职随法师回沪。公推常惺法师为第四任方丈兼闽院院长。
佛教会换届改选，推选释觉斌、大醒、瑞枝，居士蔡吉堂、陈永梁、蔡慧寿、陈定谟等七人为执行委员。
会泉和尚在万石岩创办“万石佛学研究社”，亲自授课。来自潮州、台湾等地学僧六十多人就学。
民国二十三年（1934年）
2月，瑞今、常惺往晋江草庵延请弘一法师来厦讲戒。弘一法师来厦后，在南普陀寺开讲《大盗戒》，又校勘南山律三大部，并建议创办初级养正僧学院。
7月，在弘一法师倡导下创办的南闽“佛教养正院”正式开课。瑞今主持院务，广义法师等为讲师，广洽任学监，首届招收闽南籍学僧四十名。
是年，思明佛教会改组，改执事制为理事制，名称也随厦门地方改制改为“厦门市佛教会”。推选释瑞今、本妙、宏亮、善契、广究、慧云（林子青）、常惺等七人为理事，瑞今为理事会主席。
民国二十四年（1935年）
8月，厦门市佛教会创办的《佛教公论》月刊创刊号出版发行。设董事会组织“佛教公论社”负责办刊具体事务，社址设在厦门南普陀寺。公推在新加坡弘法的会泉法师任社长，慧云法师（林子青）为总编，瑞今法师、广义法师为发行人。慧云法师负责组稿、编辑与印刷，文义、广洽法师负责筹募基金与临时印刷等费以及发行。该刊以发扬佛教真理，传播佛法福音，并报告各地佛教动态，互通信息为宗旨。设有评论、专著、论文、史实、消息等栏目。弘一法师为《佛教公论》题签，并对编排方面加以指导。
11月19日，太虚法师携同竺摩法师南下讲学，顺途至厦门闽院视察，常惺法师组织闽院师生隆重接待，并请法师开讲《法师与学僧应如何爱护学院》。
是年，中国佛学会厦门分会正式成立，居士许宣平、蔡吉堂为正副会长。会址初设在大同路蔡吉堂私第，后迁至寿山岩，并创办《人间觉》半月刊。
是年，蒋以德居士捐资兴建南普陀寺藏经阁。
民国二十五年（1936年）
初春，弘一法师来厦，在闽院和佛教养正院开讲《青年佛教徒应注意四项》和《随机羯磨》。是年夏，在日光岩结夏闭关。
12月，常惺法师辞退南普陀寺方丈兼闽院院长职务，转请转尘法师为方丈，后转尘回泉州任承天寺住持，转聘性愿法师为代理方丈。性愿法师就任后对闽院进行整顿。
是年，国民党军一五七师占驻南普陀寺，诬指当家瑞枝为汉奸，抢走寺院库房存款两千余银元。闽院因经费困难停办。
日本佛教界赠送《大正藏》（全称《大正新修大藏经》）予南普陀寺，全经1000册。抗战期间一度辗转广西，直至新中国成立后回归南普陀寺收藏。
民国二十六年（1937年）
7月，抗战爆发，日本飞机轰炸南普陀寺，佛学院讲堂、宿舍被炸毁。
8月，在弘一法师指导下，以常凯法师为队长，在厦门发起组织青年僧伽战地救护队。越年初，救护队随常凯撤入泉州。
9月，性愿和尚应菲律宾“旅菲中华佛学研究会”礼聘，南渡菲律宾住持马尼拉大乘信愿寺。
冬，南普陀寺僧瑞今、广义等携带《佛教公论》文稿、设备等撤入泉州，两院学僧纷纷疏散内地。
民国二十七年（1938年）
3月，弘一法师应漳州严笑棠居士邀请来厦，在鼓浪屿了闲别墅讲经。
5月初旬，厦门沦陷前，弘一与会泉在住众一再请求下移住鼓浪屿日光岩。
5月7日（农历四月初八日），弘一法师移锡漳州弘法。
5月12日，厦门沦陷。厦门本岛佛教界缁素人士除部分先期迁入内地外，其余都涌入鼓浪屿租界避难。
7月，南普陀寺创办佛化小学，觉斌法师任校长，宏宽法师任教务主任。招收学僧三十多人。
8月，会泉和尚及其弟子宏船法师前往新加坡。
10月，弘一法师离开漳州南山寺回泉州，途经梵天寺驻足。
是年，觉斌法师就任南普陀寺方丈。
民国二十八年（1939年）
1月14日（农历十一月二十四日），原闽院院长常惺法师在上海圆寂。
民国二十九年（1940年）
2月，日伪操纵下的大乘佛教会接管南普陀寺佛化小学，改称“私立大乘佛化学校”，觉斌法师仍为校长，校址借于双十中学内。
是年冬，筹备复办闽院，由觉斌和尚为代表赴沪聘请大醒法师来厦主办。至翌年9月5日，大醒、块然二法师随带学僧二十四名、教师三名来厦。
晋江佛教会议决将《现代佛教》与《佛教公论》合并，定名《佛教公论》，性愿法师任社长。因性愿法师在菲律宾弘法，由瑞今法师代理社务，昙昕法师等担任编辑。
民国三十年（1941年）
9月15日，在南普陀寺举行闽院复办开学典礼，首届学生三十三名。
民国三十一年（1942年）
2月9日，觉斌和尚在厦门圆寂。
10月13日（农历九月初四日），弘一法师在泉州温陵养老院圆寂。厦门佛教界闻讣，为之痛悼追思。
12月，南普陀寺住持觉斌和尚生前率众为女居士募建的正信林落成，作为修持道场。以释宏定弟子吴抱治（法号“一清”）为林长。
是年，大醒法师回沪久留不归，块然法师代理院务工作，觉斌和尚圆寂后，又复代理方丈职务。
民国三十二年（1943年）
2月20日（农历正月十六日），南普陀寺退居方丈、闽院元勋会泉和尚在马来西亚槟城妙香林寺圆寂。
10月21日，新加坡“中华佛教会”会长转道法师在新加坡普陀寺圆寂。
是年，块然法师回沪，由会觉法师继任南普陀方丈兼闽院院长职务。不久，会觉法师由日僧神田惠云陪同前往日本参访。
民国三十三年（1944年）
夏，会觉和尚自日本回国，在上海招收十六名学僧回厦门，作为闽院复办后第二届学员；另在厦门招收二名、汕头一名，并首次招收在家教徒六名，共二十五名，勉强开班上课。
民国三十四年（1945年）
8月15日，日本投降，抗战胜利，厦门佛教界人士欢庆厦门光复。
10月，泉州和漳州佛教部门分别指派广义、广心等法师来厦门进行复员接收工作，随即在南普陀寺召开佛教界人士座谈会，宣布解散日伪时期的“大乘佛教会”，筹备成立厦门市佛教会，全名“中国佛教会福建省分会厦门支会”，简称“佛教会厦门支会”。
民国三十五年（1946年）
1月10日(农历十二月初八日)，闽南诸山长老以及南普陀寺首职依法召开选举会，选出广心法师为南普陀寺方丈。
2月21日(正月二十日)，南普陀寺举行广心法师继任南普陀寺第七任方丈典礼。
3月，佛教养正院在南普陀寺复办，广心法师兼院长，宏宽法师任副院长兼教务主任。瑞今法师在佛教养正院开学典礼上作《青年学僧应具的态度》的讲演。两年后，养正院又停办。
4月1日，《佛教公论》刊物复刊，佛教公论社社址设在厦门南普陀寺，性愿法师任社长。一年后，社址迁往漳州。
5月，佛教会厦门支会正式成立，推选广心和尚为理事长。
7月，佛教会发动全市寺岩举行追悼抗战阵亡将士罹难同胞水陆大法会，要求各寺岩设立灵位诵经回向。
10月25日—11月7日（十月初一至十四日），南普陀寺与菲律宾大乘信愿寺联合举办祈祷世界和平、冥阳普利水陆大法会。
民国三十六年（1947年）
2月，厦门港区公所发文通知南普陀寺僧人服兵役，全寺僧众惶恐不安。佛教支会急呈省佛教会和中国佛教会，向国民政府、国防部请愿，并向全国佛教界乞援，后获准暂缓。
3月17日（二月二十五日），原南普陀寺退居方丈、闽院院长太虚法师在上海玉佛寺圆寂。
3月，厦门《佛教公论》社在泉州设立分社。《佛教公论》出版第十五期纪念太虚法师特刊。
12月27日（十一月十六日），养正院副院长宏宽法师在南普陀寺圆寂。《佛教公论》出版二十三、二十四期合刊为宏宽法师纪念专辑。
是年，南普陀寺为喜参和尚建塔，安置灵骨。
民国三十七年（1948年）
春，厦门佛学会在寿山岩侧募建太虚法师纪念塔，安奉法师舍利数颗。
10月，慈航法师从新加坡取道厦门赴台湾时，来南普陀寺拜谒母校，并为佛教养正院学僧作演讲。慈航法师台湾之行，是应台湾圆光寺妙果和尚之请前往创办僧伽教育的。
11月15日（十月十五日），南普陀寺为退居方丈性愿和尚六十寿诞启建金刚光明三坛传戒大法会，聘请当代高僧虚云、圆瑛二位法师为传戒师，来自十方的僧俗求戒弟子千余人，盛况空前，至翌年1月8日（十二月初十日）戒期圆满。
11月23日，当代艺术家丰子恺来厦，参礼南普陀寺三坛授戒大法会，游览厦门诸名胜，凭吊其师弘一法师在厦门的遗址遗迹。
民国三十八年（1949年）
1月，性愿和尚在万石岩举办“大觉佛学讲社”，邀请印顺法师为主讲。
中华人民共和国时期
1949年
10月17日，中国人民解放军解放厦门，建立地方政权机构。地方军政部门认真贯彻中共中央“宗教信仰自由”的政策，尊重佛教徒正常的宗教活动，使广大佛教徒的不安情绪很快稳定下来。
1950年
是年，南普陀寺佛教养正院改为“养正义务小学”，免费招收附近儿童入学。不久，厦门大学附属小学停办，将学生和教学设备并入义务小学，生数骤增。学生总数达250多人，后因经济困难，寺院难以支撑，由地方教育部门接办，改称“东沃小学”。
1951年
春，原厦门市佛教分会参加社团登记，并开始组织成立新佛教会筹备组，组织全市佛教界人士参加爱国主义教育，开展政治学习。
4月7日，全市佛教界僧俗四众举行反美示威游行，参加人数达5000多人。
1952年
春，南普陀寺在“土地改革”运动中，主动将80多亩寺田献给农会，后重新分得田地15.3亩，供寺僧自耕自食。
6月12日（五月二十日），原南普陀寺退任住持转逢和尚在新加坡龙山寺圆寂。
10月12日，推举慈舟老和尚为南普陀寺第七任方丈，举行晋山典礼，参加典礼的佛教徒5000多人。在典礼中，二埋法师传达厦门市第二届人大第一次代表大会会议精神。
11月，南普陀寺举办祈祷世界持久和平大法会。法会期间，有印度、缅甸、印尼、马来西亚等华侨回国参观团前来观光，先后同市佛教协会及南普陀寺负责人座谈，对新中国的宗教政策表示赞赏，并称回国后要向海外传扬，消除国外佛教徒误听谣言的疑虑。
12月13日，原闽院代理院长大醒法师在台湾圆寂。
是年，厦门市人民政府拨款1000万元（合今时人民币为1000元），作为维修南普陀寺经费。
1953年
9月19日，一代高僧圆瑛法师在宁波天童寺圆寂，南普陀寺与厦门佛教居士林为悼念圆瑛法师生西举办“佛七法会”。
1954年
是年，南普陀寺为转逢和尚建造舍利塔于五老峰山麓，安奉灵骨舍利，由会觉和尚撰写塔铭。
1955年
是年，南普陀寺慈舟法师因病退职，离寺返回北京，由二埋法师代理方丈。
1957年
是年，二埋法师离厦，南普陀寺住持由会觉法师担任。
1958年
是年，厦门市佛教协会召开建国后首届会员代表大会，修订章程，选举领导机构。广心和尚被推选为名誉会长，会觉法师为会长，正果法师为副会长，觉星法师为秘书长，萧熙舜居士为副秘书长，理事有妙湛、善见、厚学、传声等法师，居士柳正松、蔡吉堂，菜姑吴瑞竹、李宏绸等，共19人，其中常务理事7人。
是年，全市出家二众佛教徒实行并寺集居，僧伽集住南普陀寺，菜姑合居日光岩，有些比较年青的寺僧及菜姑，迁入内地或还俗，全市寺僧人数骤减。
1959年
8月23日，南普陀寺大悲殿屋顶被强台风刮毁，势在倾危，后经集资重修，屋盖按原样修葺，但改为钢筋水泥结构。
1960年
11月24日，中国科学院院长郭沫若视察南普陀寺，并为南普陀寺题诗，诗云：“我自舟山来，普陀又普陀。天然林壑好，深感题名多。半月沉江底，千峰入眼窝。三杯通大道，五老意如何。”
1962年
4月11日（三月初三日），原南普陀寺代理方丈性愿法师在菲律宾华藏寺圆寂。
11月，厦门市佛教协会在南普陀寺召开第二届会员代表大会，进行改选。名誉会长广心和尚、会长会觉法师，副会长正果法师，秘书长觉星、妙湛。此后，佛教协会不再开展活动，机构形同虚设。
是年，建造会泉和尚舍利塔于南普陀寺左侧钟山之麓。
1966年
7月15日，一批“红卫兵”涌入南普陀寺砸毁四大天王和十八罗汉。寺僧清华劝阻无效，悲愤难忍，跳入般若池中自溺身亡。
1970年
1月24日，南普陀寺前监院转岸和尚于新加坡弥陀寺圆寂。
1976年
12月，成立南普陀寺管理处，由政府有关领导部门指派专人负责，并成立大型企业（后称实业社），负责经营素食部，以及经销各种旅游商品。
1979年
10月，厦门市有关部门领导召开佛教界人士座谈会，要求佛教徒认真学习宗教政策，恢复佛教会组织，开展正常的宗教活动，并宣布南普陀寺为开放寺院，推举妙湛法师为临时住持。
11月，成立厦门市佛教协会筹备委员会，推选筹备委员，代会长释厚学、副会长释妙湛、蔡吉堂居士等3人，理事释传声、居士柳正松、罗丹等11人。
1980年
11月22日，新加坡总理李光耀一行来南普陀寺参观。
12月15日，南普陀寺妙湛法师应邀出席中国佛教协会第四届代表大会，被选为第四届理事会理事。
是年，南普陀寺成立管理委员会。先后由吴昭仁、林振祥负责。
南普陀寺后山建造石亭，作为历史发源地纪念。书法家虞愚居士为题石匾“普照寺”三字。
在中国佛教协会代表大会上，福建代表和早期曾是闽院学僧的代表，向大会提出复办闽院的倡议，得到与会代表的支持。
日本佛教黄檗宗代表团来厦门访问，厦门市佛协筹委会和南普陀寺联合接待。
1981年
4月，妙湛法师出席福建省佛教协会第三届代表大会，被推选为理事会副会长。
12月5日，新加坡广洽法师回国参观南普陀寺。
12月26日，中共中央副主席李德生来南普陀寺视察。
是年，中国佛教协会会长赵朴初来厦门视察，并向地方党政有关领导提出复办闽院的期望，得到领导部门的重视和支持，随后批准南普陀寺首先复办佛教养正院。
1982年
1月13日，全国政协副主席刘宁一前来南普陀寺视察。
是年，新加坡纪甲城先生及夫人蔡桂兰参访南普陀寺，并赠丰田车一部。
全国政协副主席荣毅仁夫妇来南普陀寺视察。
妙湛法师任南普陀寺管理委员会主任。
南普陀寺在后山建造“庐山亭”，由罗丹居士书匾。
1983年
1月4日，全国人大常委会副委员长廖汉生夫妇来南普陀寺视察。
1月17日，全国政协副主席王任重夫妇来南普陀寺视察。
2月16日，全国政协副主席刘澜涛来南普陀寺视察。
2月17日，中央书记处书记、统战部部长习仲勋夫妇来南普陀寺视察。
3月12日，全国政协副主席王首道、毛致用来南普陀寺视察。
3月13日，中国佛协副会长真禅法师、上海知名学者苏渊雷居士率领的上海佛教代表团来南普陀寺参访。
6月27日，新加坡佛教总会会长宏船法师回国观光，对闽院复办甚为关怀。在北京访问赵朴初会长时，具体商谈支持复办闽院，得到赵朴初的嘉许。赵朴初亲题闽南佛学院名匾以促其成。
7月17日，新加坡龙山寺僧侣印实、广净法师等前来南普陀寺参访。
11月1日，国家主席李先念一行来南普陀寺视察。
12月20日，国务院副总理谷牧视察南普陀寺。
12月21日，柬埔寨主席诺罗敦?西哈努克亲王夫妇、宋双、乔森潘等来南普陀寺参访。
12月28日，全国人大常委会副委员长赛福鼎来南普陀寺视察。
1984年
1月，复办后的首届养正院学员毕业。
1月22日，全国政协副主席程子华来南普陀寺视察。
4月，南普陀寺实业社主任曾全民带领素食部厨艺师多人，前往香港开展素食厨艺表演。由于制作精良，色、香、味俱佳，造型巧妙，素菜菜名清雅，备受品尝者交口称赞。当地诸家新闻媒介，纷纷撰文给予高度评价，展演延长三周，载誉而归。
中共中央政治局常委、中顾委主任、中央军委主席邓小平、中共中央政治局委员王震等来南普陀寺视察，方丈率两序大众接待，并在普照楼品尝南普陀寺实业社名厨素菜。
10月1日，新加坡佛教总会会长宏船法师在万石莲寺大雄宝殿代其师父会泉法师为妙湛法师传法卷。妙湛法师遂为临济宗正宗第四十八代法脉传人。
10月14日，全国人大常委会副委员长王光英来南普陀寺视察。
11月20日，国务委员姬鹏飞来南普陀寺视察。
11月21日，全国政协副主席费孝通来南普陀寺视察。
12月11日，日本黄檗宗友好访问团来南普陀寺参访。
12月24日，全国人大常委会副委员长彭冲来南普陀寺视察。
是月，十世班禅法师来来南普陀寺考察。
是年，闽院经批准复办，由妙湛、圆拙、梦参等法师主持，先行挂匾招生。
1985年
5月17日，闽院举行复办开学典礼，妙湛法师兼任院长，首届招收男女出家二众学员120人，并在万石岩分设女众部。
9月2日，马耳他共和国总统巴巴拉来南普陀寺访问。
11月8—10日，厦门市佛教协会筹委会在南普陀寺召开第三届代表大会，宣布正式恢复厦门市佛教协会，选举妙湛法师为会长，见性、厚学、弘诚等法师和蔡吉堂居士为副会长，选出理事27人，常务理事12人。
11月，国务院副总理方毅来南普陀寺视察。
1986年
2月14日，中央军委副主席杨尚昆来南普陀寺视察。
3月8日，全国政协副主席杨静仁来南普陀寺视察。
3月15日，全国人大常委会副委员长十世班禅额尔德尼·确吉坚赞来南普陀寺考察。
4月4日，国务院副总理田纪云来南普陀寺视察。
5月25日，中央政治局常委胡启立来南普陀寺视察。
6月，妙湛法师出席省佛教协会第四届代表大会，被推选为省佛教协会会长。
8月24日，香港佛教联合会会长觉光长老来南普陀寺参访。
10月15日，各国驻华大使考察团来南普陀寺考察。
10月25日，国务院副总理乔石来南普陀寺视察。
12月16日，全国政协副主席王恩茂来南普陀寺视察。
1987年
1月8日，全国人大常委会副委员长朱学范来南普陀寺视察。
1月16日，全国人大常委会副委员长阿沛·阿旺晋美来南普陀寺视察。
是月，妙湛法师应邀赴新加坡弘法。
2月，妙湛法师出席中国佛教协会第五届代表大会，被推选为常务理事。
3月5日，泰国王储玛哈立集拉隆功来南普陀寺访问。
5月7日，全国政协副主席钱昌照来南普陀寺视察。
5月15日，全国人大委员长彭真来南普陀寺视察。
7月5日，妙湛法师应美国万佛城宣化法师邀请，赴美参加“祈祷世界和平水陆空和平大法会”。
1988年
1月17日，全国政协副主席杨成武来南普陀寺视察。
2月，厦门市佛教协会副会长蔡吉堂居士应邀出访新加坡，为创建闽院太虚图书馆募集资金。
12月，闽院为复办后首届（1988届）毕业生举行毕业典礼，应届毕业生共44人，其中男众16人，女众28人。
12月4日，全国人大常委会副委员长王汉斌来南普陀寺视察。
12月15日，全国人大常委会副委员长倪志福来南普陀寺视察。
1989年
3月12日，南普陀寺职工曾燕安在抓捕破坏治安歹徒时，英勇搏斗，壮烈牺牲。省、市人民政府追授为“革命烈士”和“特区青年勇士”的光荣称号。
3月，《闽南佛学院学报》创刊发行。
8月，南普陀寺筹建大禅堂，香港著名佛教居士南怀瑾的学生李素美、李传洪居士捐献巨资。
10月8日，南普陀寺为妙湛法师举行方丈升座典礼。方丈升座后，按十方丛林规制挂牌请职，安排各堂口执事。
12月14日，知名美籍华人陈香梅女士参访南普陀寺。
1990年
1月5日，闽院太虚图书馆奠基。
1月18日，闽院邀请台湾游祥洲博士来院讲学。
2月14日，南普陀寺接待12个国家驻华大使考察团。
3月15日，台湾十方禅林方丈首愚法师来南普陀寺后山阿兰若处闭关静修，是日南普陀寺方丈妙湛为其举行封关仪式。
4月8日，台湾圆光佛学院院长如悟法师率领学院师生43人，来闽院进行交流活动，南普陀寺方丈及闽院师生接待了如悟法师一行。
5月12日，巴巴多斯总理一行来南普陀寺参访。
是月，妙湛和尚接待新加坡宏船法师回国观光。
中国佛教协会会长赵朴初来厦视察，在省、市宗教部门领导和省、市佛协主要负责人的联席会上，着重讨论研究南普陀寺管理体制改革问题，建议将南普陀寺管理委员会改为寺务委员会。
11月3日，国务院宗教局副局长赤耐、中国佛教协会副秘书长萧秉权、福建省民族宗教厅副厅长沈瑞其、省佛协副秘书长毅然法师等一行，专程来厦，同市宗教处、市佛协具体研究南普陀寺管理体制改革有关问题。
12月12日，由市宗教处正式行文，撤销原南普陀寺管理委员会，成立以方丈、监院、堂主、企业主要负责人组成的“寺务管理委员会”。
10月10日，妙湛、诚信、了法等法师，贾题韬居士等一行应邀赴香港参访。
12月25日，宏船法师在新加坡光明山普觉禅寺圆寂。
1991年
1月4日，闽院第二届（1990届）学僧毕业，毕业生52名，其中男众20名，女众32名。
1月5日，方丈妙湛和尚、明旸法师代表中国佛教协会前往新加坡参加新加坡佛教总会会长宏船法师圆寂传供赞颂法会。
1月29日，南普陀寺大禅堂奠基启建。
5月14日，新加坡副总理李显龙来南普陀寺访问。
10月，闽院选派教师和学僧各1名，参加省宗教厅主办的，题为《爱国爱教，团结奋进》的宗教院校演讲竞赛，闽院代表获得教师组第一名，学生组第二名的优良成绩。
11月2日，朝鲜佛教徒联盟一行10人，在该盟中央委员会副委员长黄炳大率领下，来厦门参观访问。市佛教协会和宗教局举行招待会，并派专人陪同到南普陀寺参观。
12月21日，国务院副总理田纪云来南普陀寺视察。
1992年
1月7日，妙湛和尚、了法法师赴沪出席“全国汉语系佛教教育工作座谈会”，并代表南普陀寺向中国佛教教育基金会捐献人民币20万元。
1月27日，全国政协副主席钱正英来南普陀寺视察。
3月22日（农历二月十九日），观音圣诞，市佛教协会和南普陀寺提倡香客礼佛，每人只烧一支清香，表示一心诚敬，同时禁止在寺区范围燃放鞭炮、焰火。
3月24日，省佛协在南普陀寺召开佛教教育工作座谈会，并成立“省佛教教育基金会”。
5月8日—9日，厦门市佛协在南普陀寺召开第四届会员代表大会，进行换届改选，选出理事44人，其中常务理事15人，推选妙湛和尚为会长，蔡吉堂居士，见性、厚学、诚信法师为副会长，并通过修订《厦门市佛教协会章程》和《佛教徒爱国公约》。
5月23日，闽院在普照楼举行“绍隆佛种，弘扬正法”为主题的首届演讲比赛。
5月25日，全国政协副主席马文瑞来南普陀寺视察。
7月4日，市佛协召开全市寺院住持会议，学习贯彻中国佛教协会制订的《中国汉传佛教寺庙管理办法》、《中国汉传佛教寺庙共住规约》以及《厦门市寺庙庵堂守则》。
是月，市佛教协会、南普陀寺和闽院联合举办“正信佛教”、“人生佛教”等系列专题讲座。
7月7-13日，妙湛法师、了法法师赴沪出席“全国汉语系佛教教育工作座谈会”。
7月17日，台湾佛教徒组织的“能仁全国斋僧团”一行64人，来厦门举办“千僧斋”，在南普陀寺普照楼开设素宴64席，供请全市出家二众和部分佛教居士，并布施每众200元贝亲 金。
7月29日，香港佛教联合会一行23人来南普陀寺参观访问。
8月6日，武汉市佛教协会副会长魏仁山、道教协会副会长汪圆惠等一行8人，在武汉市宗教局处长刘进美带领下，来厦参访南普陀寺和闽院。
8月14日，台湾香光女众佛学院院长释悟因尼师等4人，来闽院交流教学经验。
是月，闽院复办第三届学员毕业，共50名，其中男众17名，女众33名。
12月，闽院开设研究生班，后因师资不足停办。
1993年
1月1日，闽院第一届研究生开学，院长妙湛法师主持开学典礼，同时任命了法法师为研究部主任，道黉法师为副主任，聘请方兴副研究员、田光烈、单培根等为导师。本届研究生共11名，是闽院教务处于1992年12月28日通过严格考试从本院历届毕业生中择优录取的。后因办学的主客观条件不成熟，于1997年宣布停办。
1月3日，台湾圆光佛学院教务长释惠空法师来闽院参观访问，交流教学经验。
1月8日，香港佛教法住文化书院院长霍韬晦居士来闽院参观，交流经验。
1月11日，厦门市召开宗教活动场所依法登记工作试点总结会议，批准南普陀寺等13座寺院为首批登记的宗教活动场所。
5月31日，日本高野山大学教授武内孝善率领访问团访问南普陀寺，由妙湛和尚接待。
9月，市佛教协会秘书长诚信法师和闽院教务长了法法师应邀往香港、新加坡、马来西亚、泰国等地参观访问。
10月5日，市城建局、规划局、文化局、旅游局等部门在南普陀寺举行万寿双塔建筑方案论证会。
10月23日，市佛教协会会长妙湛和尚、秘书长诚信法师前往北京参加中国佛教协会第六届代表大会。大会推选妙湛和尚为中国佛协咨议委员会副主席，诚信法师当选为中国佛协理事。
11月18日，南普陀寺方丈妙湛和尚接待旅居美国旧金山法雨精舍侨僧梦参法师。
12月4日，香港佛教联合会会长觉光法师和香港菩提学会会长永惺法师等来南普陀寺参访。
12月8日，市佛协会长、南普陀寺方丈妙湛和尚和佛教协会道黉副秘书长应邀赴香港参加天坛大佛开光典礼。
12月15日，妙湛和尚热情接待泰国副僧王和泰国佛学院院长许金龙法师一行12人来访。
冬，市佛教协会与南普陀寺联合接待南京军区副司令员曲振牟，向他详细介绍多年来落实国家宗教政策及本市佛教事业发展情况。
是年，毛塔尼亚总统及夫人一行来南普陀寺参访。
1994年
1月13日，全国人大常委会副委员长叶飞视察南普陀寺，并题词“五老迎春”。
2月9日，中央军委副主席刘华清及夫人徐虹露视察南普陀寺。
2月11日，南普陀寺举行大禅堂落成典礼，邀请南怀瑾先生主持禅学讲座，来自美国、加拿大、香港、台湾等海内外佛教界人士数百人参加庆典。
7月8日，应马来西亚观音寺镜庵法师的邀请，南普陀寺首次组织以能元大知客为团长的法务代表团一行14人，前往吉隆坡参加观音寺的药师殿佛像开光和水陆法会佛事活动。
9月6日，台湾著名的佛学大师印顺长老回母校闽院视察，挥笔写下：“感三宝深恩，重来此地，见一片光明，喜乐无量。”
9月15日，南普陀寺监院诚信和了法、安景等法师前往美国洛杉矶参加福建同乡会馆佛像开光法会。
10月21日，全国政协副主席孙孚凌来南普陀寺视察。
11月29日，妙湛和尚受中国佛教协会委派护送佛指舍利赴泰国供奉瞻仰。
12月，由全国政协委员（港商）赵汉钟、张跃莉夫妇捐资300万元新建的南普陀寺山门前一对万寿塔落成。
12月14日，南普陀寺成立慈善事业基金会，妙湛和尚兼任会长。
1995年
2月3日，中国佛教协会组织的“茶禅协会”，在南普陀寺举办日本茶道迎春座谈会，日本茶道里千家夫妇应邀参加盛会。
2月8日，国务委员李铁映来南普陀寺视察。
3月31日，南普陀寺在后山举行新加坡广洽长老灵骨进塔仪式。
5月20日，台湾香光尼众佛学院院长悟因尼师一行来闽院参访。
5月22—23日，闽院院长妙湛法师出席在北京召开的“中韩日三国佛教友好交流会”。在会上，妙湛法师发表《佛教大国一定要有佛教大学》一文，倡议“成立中国佛教大学筹备处”，以尽快创办“佛教大学”。
8月19日，南普陀寺为纪念抗战胜利50周年举办祈祷世界和平大法会。
是月，市佛教协会向下属各单位募集6.5万元现金、6千余件衣服支援灾区。
9月5日，中国佛教协会副秘书长萧秉权来南普陀寺视察。
9月16日，南普陀寺举办青年佛教进修班，向广大中青年知识分子介绍佛法。
9月23日，四川昭觉寺方丈清定上师来南普陀寺参访，南普陀寺妙湛和尚率两序大众和闽院师生在山门迎接。
10月，菲律宾瑞今法师一行来南普陀寺参访。
11月14日，全国人大常委会副委员长倪志福来南普陀寺视察。
12月12日，南普陀寺执事和普光寺监院安景法师应邀前往泰国龙象洞参加水陆法会。
同日，南普陀寺组织法务团一行27人前往新加坡，参加普觉禅寺为纪念宏船法师圆寂五周年而举行的水陆法会佛事活动。
12月19日，南普陀寺方丈、市佛教协会会长妙湛老和尚圆寂。
12月26日，由中国佛教协会特派副会长圣辉大和尚主持为妙湛老和尚举行隆重的追悼会，到会的有国家宗教事务局、中国佛教协会以及省市党政有关部门领导、省市佛教协会领导和各界代表近万人。
由郑梦星居士主编的《厦门南普陀寺》大型画册由香港《闽南人》出版公司正式出版，并赶在妙老追悼会上发送参加追悼会各有关部门及各界代表。
是月，南普陀寺慈善基金会义诊院正式挂牌，开始免费接诊。
闽院女众部三位学僧荣获“全国人体科学研讨会书画艺术大展赛”二等奖。
是年底，南普陀寺修建寺务处综合大楼。
1996年
1月8日，南普陀寺慈善基金会被接纳为中华慈善总会永久会员。
2月，市佛教协会发动佛教界人士捐资22.5万余元、衣服3270多件，救济龙岩地区洪灾灾民。
同月，闽院尼众部全部迁入金榜山紫竹林寺新校园上课。
4月17日，原中国佛教协会理事、市佛教协会副会长、闽院副院长、居士林林长蔡吉堂老居士往生，享年93岁。
8月，妙湛方丈圆寂后，丈席悬缺，省市宗教领导部门非常重视，并在中国佛教协会会长赵朴初等领导的支持下，经南普陀寺两序大众一致推选中国佛教协会副会长圣辉大和尚任南普陀寺第九任方丈，市宗教局和南普陀寺合派专人赴京恭迎。圣辉大和尚在南普陀寺赴京代表及中国佛教协会专人护送下，于10月24日到厦，并举行晋山仪式。
11月12日，圣辉大和尚前往长沙主持由中国佛教协会举办的“石头希迁与曹洞禅学学术研讨会”，与会人员有来自全国十五个省、市的法师代表和专家学者一百多人。
是年，新加坡、香港钟氏财团家族捐资650万元建造紫竹林寺闽院女众部教学楼、办公楼、五观堂等五座楼房。
1997年
1月13日，闽院举行第五届本科生毕业暨养正院结业典礼，共毕业、结业学僧172人。
2月10日，中央统战部部长王兆国来南普陀寺视察。
3月6日，圣辉大和尚和诚信法师赴新加坡参加护国金塔寺住持法照法师荣任泰王御封“华僧尊者”庆典活动。
3月26日，南普陀寺举行圣辉大和尚荣任第九任方丈升座就职典礼，参加庆典大会的有省市领导、厦门各寺院长老及佛教界缁素人士六七百人。
4月12日，全国人大常委会副委员长布赫来南普陀寺视察。
5月29日，斯里兰卡共产党总书记拉贾科鲁尔为团长的代表团来南普陀寺参访。
6月26日，南普陀寺举行庆祝香港回归祈福大法会。
8月16日，香港著名实业家邵逸夫、全国政协副主席安子介等一行来南普陀寺视察。
8月，闽院改春季招生为秋季招生。
9月12日，市佛教协会第五届代表会议，选举理文法师为会长，定恒法师为秘书长。聘请圣辉、见性、诚信三位法师为名誉会长。
10月27日，圣辉法师在日本京都召开的以“让佛陀的教诲传遍世界”为主题的“中韩日佛教友好交流会议”上，作《必须重视发挥寺院多方面的弘法利生功能》发言。圣辉法师指出：寺院是弘扬佛法的基地，要使佛陀的教诲传遍世界，寺院至少应具备六方面的功能，即：“一、传法教育的功能；二、庄严国土、美化环境的功能；三、维护生态平衡的功能；四、接引信徒实践佛陀教诲的功能；五、保存传统文化的功能；六、抚慰人心稳定社会的功能”。
11月24日，南普陀寺举行妙湛大和尚舍利奉安法会。
11月29日，南普陀寺念佛堂恢复成立念佛法会。
12月8日，南普陀寺僧众举行纪念妙湛和尚圆寂二周年回向法会。
12月22日，圣辉大和尚带领理文、定恒法师等一行多人应邀前往新加坡、日本、香港等地参访和主持法事活动。
12月25日，新加坡第三届净宗弘法人才培训班结业，圣辉法师赴新加坡参加结业典礼，并在典礼上致辞。他充分肯定净宗学会在培养弘法人才方面所最得的巨大成就，并祝愿净宗学会的事业更加兴旺发达，祝愿中新两国佛教界友好交往不断增进。闽院戒贤法师参加新加坡第三届净宗弘法人才培训班学习，成绩优异，获第一名。
是年，闽院女众部3名学僧参加全国汉语规范书写比赛，分别获二、三等奖。
1998年
1月4日，圣辉大和尚前往香港，为香港志莲净苑大雄宝殿诸佛菩萨圣像开光。
1月10日，国务院宗教事务局局长叶小文、副局长刘书祥一行来南普陀寺视察。
1月29日，国务委员、国家民委主任司马义?艾买提来南普陀寺视察。
同月，闽院恢复研究生班，由圣辉大和尚聘请北京大学、中国社会科学院、人民大学多名著名教授为导师，开设华严、禅学、中国佛教史、印度佛教史、戒律、净土等专业课，首届从本院应届毕业生中招收7名研究生（其中男众2名，女众5名）。
3月，圣辉大和尚在政协全国委员会第一次会议预备会上当选为第九届常务委员。
4月10日，召开“闽南佛学院组织建设重要会议”，宣布成立“闽南佛学院院务委员会”，圣辉院长任主任，诚信、圆智、济群三位法师任副主任。会议还决定建立“院、处、室”分级管理的“三三制”管理体制，在院长下分设办公室、教务处、教导处三个平行的职能部门，分工合作，各负其责，协助院长、副院长处理学院的行政、后勤、教学、纪律等工作。陶静春，为提高闽院师资队伍的素质，在厦门大学高等教育研究所的支持下，举办“法师进修班”，依照国家对高等院校师资的统一要求，制定教学计划、课程和教材，聘请厦门大学专家教授对法师进行培训。闽院院长圣辉法师、原厦门大学副校长著名高等教育学家潘懋元教授分别在开学仪式上致辞。闽院教务处海如法师、浩宇法师分别任进修班正、副班主任，并带班上课。
5月9日，在圣辉大和尚重视下，南普陀寺闽院举办“青年佛学进修班”。
5月27日至6月4日，南普陀寺启建50年来规模最大的水陆大法会。新加坡普觉禅寺监院广声法师率领75位新加坡信徒前来参加法会。
9月5日（农历七月十五日），在南普陀寺举行的盂兰盆法会上，圣辉大和尚发起向长江、嫩江、松花江等灾区捐献救济款，南普陀寺两序大众当场捐款48000多元，连同与会的厦门各寺院捐款共13余万元。
10月8日，闽院女众部紫竹林寺举行新校舍落成开光庆典活动。
10月16—24日，闽院常务副院长诚信法师率领应届男女毕业生一行108人前往江苏、南京一带参访著名丛林禅寺。
10月20—31日，闽院济群法师、慧然法师、传明法师应台湾佛教禅净协会、慈光寺禅学院惠空法师邀请，前往台湾参加“两岸禅学研讨会”。在台期间，还参访了台湾代表性的佛教寺院、佛学院、佛教大学，并进行亲切座谈。
10月22日，闽院海如法师赴日本京都佛教大学，参加“第七届中日佛教学术交流会”，在会上作《西方净土与念佛往生》发言。
12月25日，闽院第六届毕业生典礼在南普陀寺讲堂举行，男女众三个本科班毕业生共计104名。
是年，南普陀寺慈善事业基金会、普光寺、虎溪岩等分别为湖南、江西、湖北等贫困地区兴建7所希望小学。
闽院女众部新建图书大楼，总占地面积1780平方米，总投资200余万元，由钟氏家族独资捐建。
1999年
2月，闽院恢复研究生班，开设华严、戒律、净土、中国佛教史、印度佛教史、中国禅宗史等专业，学制3年。由圣辉院长聘请中国人民大学方立天教授，北京大学楼宇烈教授，中国社会科学院杨曾文教授、方广教授，中国佛学院向学法师以及闽南佛学院济群法师为导师。首届从本院应届毕业生中招收7名学僧（其中男众2名，女众5名）。
2月28日，南普陀寺捐款10万元献给厦门市“99献爱心万人行活动”。
4月17日，闽院190多位师生组成的参访团，在闽院教导处教导长圆智法师在率领下前往莆田，参访福建佛学院与广化寺，以加强两院之间的交流与合作。
4月18日，南普陀寺方丈圣辉大和尚接待来访的荷兰女王贝娅特丽克丝，并带领女王一行参观南普陀寺近年来在落实国家宗教政策下而充分发展的盛貌。
5月17日，台湾慧律法师来闽院举办佛学讲座。
5月31日，法国一行禅师来闽院举办佛学讲座。
是月，圣辉大和尚随带中国佛教协会代表团护送佛牙舍利至香港展出，供众瞻仰。
6月10日，全国政协民族宗教委员会委员一行9人来南普陀寺视察。
6月10日至14日，市佛教协会选派骨干人员分别参加省宗教局举办的宗教界中青年爱国人士读书班和省佛教协会举办的各地佛协骨干培训班。
9月，南普陀寺、闽院、南普陀寺慈善基金会、南普陀寺实业社、梵天寺等五个单位荣获厦门市两个文明建设宗教、民族界先进集体，圣辉大和尚等21位佛教界人士获得先进个人称号。
9月8日，泰国副总理苏帕猜一行来南普陀寺参访。
9月20日，以圣辉大和尚为团长的大陆佛教教育访问团前往台湾进行学术研讨交流，学院导师济群、慧然、法源等法师参加。
9月23日，圣辉大和尚率南普陀寺诚信、理文二法师赴京参加《中国佛教寺院大观》画册首发式。
9月29日，南普陀寺为台湾“9?21”大地震中死难同胞举行大型超度法会，同时捐款10万元支援受灾同胞。
是月，佛教养正院改为预科。
10月1日，南普陀寺为庆祝建国五十周年举行祈祷世界和平大型法会。
11月29日，泰国上议院议长米猜?立初潘一行来南普陀寺参访。
12月4日，圣辉大和尚应邀赴新加坡光明山普觉禅寺进行短期出家众传戒法会，任传戒和尚。
12月20日，南普陀寺举办庆祝澳门回归大法会。
12月31日，以诚信法师为团长，理文、传明、常海等法师一行11人应新加坡净宗学会邀请，参加新加坡九大宗教“迎千禧共祈祷法会”。
2000年
1月26日，圣辉大和尚连任南普陀寺第十任方丈兼闽院院长。
2月8日，厦门市慈善会召开第一届理事会，圣辉大和尚被聘为名誉会长。
3月1日，经市十一届人大常委会第二十二次会议，通过《厦门市宗教活动场所管理规定》并施行。
4月15日至16日，中国佛教协会在南普陀寺举行“佛教在二十一世纪”的大型演讲会。这是建国以来汉传佛教举行的首次全国性演讲比赛，闽院荣获学生组第一名。
4月17日上午，圣辉法师、刀述仁居士、传印、学诚、理文、本性、圆智等法师以及佛学专家、学者、佛学院管理教学人员共60多人在闽南佛学院教务处，举行“佛教教育在二十一世纪的思考与展望”座谈会。圣辉大和尚、刀述仁居士、传印法师发表重要讲话。与会者回顾过去，展望未来，为新世纪的佛教教育出谋献策。座谈会由济群法师主持，闽院教务长浩宇法师受圣辉大和尚委托作了总结。
5月7日，丹麦王国首相拉斯穆森率团访问南普陀寺，圣辉大和尚与两序大众进行了接待。
5月21日，南普陀寺举行为期七天的佛事法会，沉痛追悼全国政协副主席、中国佛教协会赵朴初会长逝世。
6月4日至14日，以春光团长为首的韩国佛教界青年参访团一行十四人来南普陀寺体验生活。
6月22日，全国人大常委会副委员长许嘉璐来南普陀寺视察。
6月25日，南普陀寺接待厄瓜多尔国民议会议长胡安?何塞?宠斯?阿里萨加率领的议会代表团一行来寺参观访问。
7月8日，罗马尼亚议长昆图斯及夫人一行来南普陀寺参访。
8月16日，为响应即将在联合国举行的由世界各国宗教领袖参加的世界和平大会，在北京召开“中国宗教界领袖举办世界和平研讨会”。圣辉法师在研讨会上作《发扬佛教传统，维护世界和平》的发言。他提出：“一、发扬中国佛教优良传统，对促进世界和平事业的发展具有重大意义；二、发扬佛教慈悲平等的思想，净化人心；三、打击邪教，弘扬正法，建设人间净土”。
8月22日，圣辉法师在美国加州大学洛杉矶分校UCLA亚洲研究所与美国西部宗教人士座谈上，作《弘扬佛教慈悲平等无我的教义，维护世界和平》发言。
8月28日至31日，圣辉大和尚代表中国汉传佛教出席联合国“宗教与精神领袖世界和平千年大会”。
10月11日至24日，圣辉大和尚率中国佛教代表团54人访问欧洲。
10月24日，圣辉大和尚作为首席代表出席在韩国汉城举办的中日韩佛教新世纪世界和平祈愿法会和国际学术研讨会。闽院学僧果彻同学应邀出席，就“佛教在二十一世纪的使命”在慈善方面发表演说。
11月13日，中国反邪教协会在北京成立，圣辉大和尚当选为副理事长。
2001年
1月1日，圣辉大和尚率领厦门市佛教界代表一行8人赴新加坡参加新加坡各宗教联合举办的“跨世纪温馨晚宴”。
4月6日，圣辉大和尚应邀前往联合国总部出席联合国人权委员会第57届会议，并在大会上作《破邪扬善，热爱和平，维护人权》的发言。
6月2日，闽院举行2001年本、预科毕业生毕业典礼，共计毕业生本科56人（其中男众21名，女众35名）、预科80名（其中男众34名，女众46名）。
6月19日，厦门市佛教协会第六届代表大会一致推选圣辉大和尚为会长，定恒法师为常务副会长，理文、界象、诚信、安景等法师和郑子兴居士为副会长，则悟法师为秘书长。同时，成立咨议委员会，厚学老法师为主任。
秋，闽院首次招收外国留学僧。首批来院留学有越南释勇莲等4位比丘尼。
10月20日至24日，市佛教协会在圣辉大和尚的倡导下，在南普陀寺举办首届厦门佛教执事进修班。
10月27日，圣辉大和尚在北京召开的第四次中、日、韩三国佛教友好交流会议上，主持“三国佛教界祈祷世界和平法会”，并作基调发言，重点阐述佛教的“自然环保”观和“心灵环保”观。
12月1日，闽院女众部成立慈愿小组。
12月20日，以德煌法师为团长的26人法务团赴香港参加志莲净苑举行祈祷世界和平、国泰民安的水陆法会。
2002年
1月10日，圣辉大和尚在南普陀寺,主持召开传达学习全国宗教工作会议精神大会，与会者有佛教协会理事以上人员共46人。
1月15日至16日，闽院隆重举行首届硕士生论文答辩会，共有七位学僧顺利通过答辩，他们是文贤、定源、法缘、修明、禅慧、昌法、慧雪等七位。
2月23日，以圣辉大和尚为团长的佛指舍利赴台供奉护送团抵台。
3月8日，厦门佛教界在南普陀寺讲堂隆重举行佛指舍利护法二团赴台欢送会暨闽院春季开学典礼。
同日，圣辉大和尚带领南普陀寺慈善事业基金会常务副会长慧然法师、常务副秘书长普陀法师等人，前往厦门集美区参加市慈善会和南普陀寺慈善基金会为集美大学、厦门大学、鹭江职业大学特困生捐助活动仪式。此次活动，南普陀寺慈善基金会资助集大50名特困生5万元，厦大、鹭大各25名特困生5万元，共计资助100名特困生10万元人民币。
4月，全国统战部部长王兆国来南普陀寺考察。
4月25日至27日，由中国反邪教协会主办，福建省反邪教协会和南普陀寺承办的题为“尊重宗教信仰，打击和防范邪教”的中国反邪教协会第五次报告会暨学术讨论会在南普陀寺召开，会议由圣辉大和尚主持。全国33个省（市）、自治区和地市级的反邪教协会和筹备组代表及专家、学者等140多人出席了会议，大会共收到学术论文60多篇，11人做大会报告，40多人在分组交流会上发言。
5月7日，圣辉大和尚应邀出席了由香港各界文化促进会主办的题为“中国发展与精神文明论坛”的大型讲座，并在会上作了主要讲演。
5月17日，全国政协民族与宗教委员会宛耀宾和闵智亭（中国道教协会会长）随带福建省宗教院校调研组，来厦对闽院办学情况进行调研。调研组一致对闽院发展佛教教育所取得的优异成绩给予充分肯定与好评，认为闽院“是国内最具规模师资加力量雄厚，学僧人数较多，硬件和软件最好的一所佛教院校”。
6月，台湾宏印、净耀法师为团长一行访问闽南佛学院。
7月9日，理文、定恒、诚信、安景、了法五位法师参加在福州召开的福建省佛教协会第七届第三次常务理事会会议，圣辉大和尚专程莅会指导。
7月29日，“香港宗教界知名人士访闽团”一行35人来南普陀寺参访。
7月30日至8月5日，厦门佛协推荐则悟、法云、法尊、德煌、超波五位法师和郑子兴居士，参加由省佛教协会在武夷山慈恩山庄举办的全省佛教重点寺院负责人研讨班的学习。
9月6日至9月8日，西安市“人间佛教”参访团来南普陀寺参访。中国道教学院客座教授朱越利为闽院学生举办题为《学术研究漫谈》的讲座。
9月16日至9月20日，中国佛教协会第七次全国代表会议在北京召开，圣辉大和尚当选为中国佛教协会常务副会长，主持佛教协会工作。厦门市佛教界定恒、理文、安景等参加会议，并当选为理事。
9月28日至10月7日，韩国曹溪宗修行体验团比丘尼一行14人。来闽院紫竹林尼众部进行为期9天的体验生活。
10月2日，根据国家宗教事务局和中国佛教协会等上级部门的文件精神，3名泰国籍华人青年来闽院出家并留院学习。
10月16日，圣辉大和尚率南普陀寺两序大众，接待了以台湾法鼓山圣严法师为团长的台湾“大陆佛教圣迹巡礼团”一行500人。
10月17日，市佛教协会在南普陀寺召开常务理事扩大会议，传达学习中国佛教协会第七次全国代表会议精神，圣辉大和尚主持。出席会议的有市佛协常务理事以上人员和各寺院主要负责人，共35人。
10月19日，泰王国诗琳通公主来南普陀寺参访。
10月23日，台湾中坜圆光佛学院第15期毕业参修团缁素一行32人，在如悟法师的带领下，参访闽院，在教务处就“当代僧教育”进行座谈会。
10月29-31日，闽院副教务长传明法师、导师向学法师应邀前往日本京都参加以“中国净土教研究——关于昙鸾、道绰、善导”为主题的“第九届中日佛教学术交流会”。传明法师在会上发表《形象教育法——观想念佛》，向学法师则发表《昙鸾的念佛思想及其意义》。
11月9日，厦门市佛协咨议委员会委员、南普陀寺堂主、西竺寺住持宏辉老法师圆寂。
11月17日，以法国佛教联合会会长一行禅师为团长的法国佛教代表团16人参访南普陀寺，圣辉大和尚率两序大众接待。当日下午，一行禅师在闽院作《欧洲佛教的现状与展望》讲座。
是月，厦门市第十届政协推选圣辉大和尚为常委，定恒、诚信法师，居士郑子兴、曾全民为委员。
2003年
1月18日，圣辉大和尚连任南普陀寺第十一任方丈兼闽院院长，并举行晋院仪式。
1月30日，佛牙舍利赴泰国供奉护法三团（闽院）一行20人启程，进行为期31天的护法使命。了法法师任团长。
3月3日－14日，全国政协第十届会议在北京隆重召开，圣辉大和尚当选第十届政协常委。
3月28日－4月8日，南普陀寺组织以则悟法师为团长的30人法务团赴香港，参加香港大屿山莲池寺举办的水陆法会。
4月21日，由广东省佛协副会长、广州市大佛寺住持耀智法师带领的广东佛学院及培训班负责人一行19人参观南普陀寺及闽院。
4月23日－24日，以嘉木祥（藏族）为团长的甘肃省藏传佛教上层人士参观团一行参观南普陀寺。
4月，在圣辉法师的倡导下，由闽院教务长传明法师着手筹建“南普陀寺在线网站”。
5月8日－14日（农历四月初八至十四日），南普陀寺启建“祈祷世界和平国泰民安降伏‘非典’病魔（SARS）水陆法会”。法会由“香港旭日集团”董事长杨钊先生随缘喜舍净资，杨钊居士随喜在中国大陆十大丛林同时举办“水陆法会”、在中国三大丛林同时随喜举办“梁皇宝忏”和“大悲忏”法会。
6月2日，闽院举办第八届（2003届）本科毕业生、第八届（2003届）预科毕业生毕业典礼。
7月10日，圣辉大和尚倡议发起的“海峡两岸暨港澳佛教界祈福大法会”，在南普陀寺隆重举行。来自全国各地及港、澳、台地区的佛教四众弟子汇聚一堂，共同为降伏“非典”、国泰民安、世界和平祈福。参加法会的海内外诸山长老有：中国佛教协会会长一诚法师、台湾佛光山星云长老、台湾中佛会净良长老、香港佛教联合会觉光长老、澳门佛教总会健钊长老及中国佛教协会副会长兼秘书长学诚法师等。
7月11日，以厦门大学哲学系为主，联合闽院组建“厦门大学佛学研究中心”。由厦大哲学系刘泽亮教授为主任，特聘圣辉大和尚为名誉主任。
7月19日，闽院第八届5名男众毕业学僧远赴斯里兰卡阿斯羯利寺留学，以中国佛协副会长明生法师为团长、闽院常务副院长诚信法师为副团长带队前往。
8月2日—4日，闽院开始2003年秋季招生考试。全国近500名年轻男女僧尼应考，通过面试择优录取220名学僧。
9月4—5日，纪念中国佛教协会成立五十周年“新世纪中国佛教的使命”演讲选拔赛在南普陀寺讲堂隆重举行，来自全国各所寺院的学僧共25名参加演讲。闽院学僧智慧、恭融、清心三位同学入选，参加北京赛区决赛。
9月9日，国务院副总理吴仪来南普陀寺视察。
9月19日，闽院第八届五名男众毕业学僧赴斯里兰卡阿斯羯利寺留学，中国佛协副会长明生法师、闽院常务副院长诚信法师分别为正、副团长带领前往。
10月23日，斯里兰卡暹罗派阿斯羯利寺大长老一行10人来南普陀寺参访，并在讲堂为闽院师生作开示。
10月29日，南普陀寺(闽南佛学院)与中华佛典宝库合作，闽院副院长诚信法师、南普陀寺监院界象法师与中华佛典宝库第一任站长刘京民居士，先后在《中华佛典宝库第二届管理团队合作方案》(以下简称《合作方案》)签字。中华佛典宝库理事会由8名理事组成，圣辉法师出任佛典宝库理事长，闽院导师赵凤新任副理事长，教务长传明法师任佛典宝库第二任站长。《合作方案》规定中华佛典宝库第二届团队工作范围：1、录入校对佛教经典和藏外佛教文献；2、开发系列佛教专用文字应用软件并推动相关技术进步；3、集成和开发各语系综合佛教电子辞典；4、出版流通佛教藏经和其他电子文献光盘；5、出版流通经过精确校对编辑的佛教著作的纸张版。
11月18日，以闽院副院长诚信、市佛协常务副会长定恒法师为正副团长及市民宗局一处黄斯坚等一行5人，护送闽院毕业生10人（其中一人为研究生）赴香港就任大屿山莲池寺监院等执事，该寺住持衍威和尚及香港佛教联合会会长觉光长老等的接待。
12月4日，闽院副院长诚信法师应聘往新加坡光明山普觉禅寺，为该寺短期出家众传授沙弥十戒，任羯磨阿阇黎。
2004年
1月1日，闽院副院长诚信法师、南普陀寺监院界象法师、闽院教务长传明法师主持开通“南普陀网站”。
2月6日，由南普陀寺方丈圣辉大和尚带团的“中华佛教音乐巡演团”一行72人（其中闽院学僧14人），于15日往台湾巡回演出，至2月29日载誉回京。
2月26日，原国防部长迟浩田上将及夫人一行访问厦门，由厦门市人大常委会主任洪永世、市民宗局局长陈富第、副局长蔡永华陪同到南普陀寺视察。
3月2日，省各宗教院校代表来厦，在闽院参加“2004年思想政治工作座谈会”，下午在闽院女众部观摩陈锦希老师主讲的政治课，并参加女众部“慈善小组”座谈。
3月5日，“中华佛教音乐巡演团”从京返厦，于13日在艺术剧院汇报演出，随后于15日出发往澳门、香港，转往加拿大、美国各地巡演，至4月5日圆满结束回京。
3月6日，斯里兰卡康提阿斯竭利佛学院举行隆重的贝叶经刻经仪式。南普陀寺方丈、闽院院长圣辉法师参加刻经仪式。阿斯竭利第一大长老对圣辉法师访问斯里兰卡、请贝叶经表示高度的赞扬与衷心感谢。闽院在康提留学的五位法师参加了贝叶经起刻颂赞。
3月19日，市佛协和南普陀寺常住联合举办寺院防火消防安全大会，邀请思明区消防大队来寺院讲授防火消防知识。会后进行消防演习，这是南普陀寺有史以来第一次消防演习，参加演习的有来自市各寺院的代表200多人。
4月27日，《一轮明月》剧组来南普陀寺拍摄外景，著名演员濮存昕扮演弘一法师。
5月2日下午，南普陀寺首座见性长老安详圆寂，5月5日上午在南普陀寺功德堂举行追悼法会，会后送海沧荼毗。
5月22日，以常务副院长诚信法师为团长的闽院师生一行12名护法僧人前往西安法门寺迎请佛指舍利，25日护持佛指舍利到香港供奉瞻礼，6月5日护送佛指舍利回西安。
6月10日，闽院举行第二届研究生论文答辩会，有5名学僧顺利通过答辩，圆满毕业。
6月13日，南普陀寺以圣辉大和尚为名誉团长、慧然法师为团长的法务团一行66人乘坐“同安”号客船前往金门，举行金门有史以来最隆重的水陆大法会，两岛佛教界人士数万人共同祈祷世界和平、祖国早日统一。
9月4日，中央军委主席江泽民及其夫人，在省、市主要领导的陪同下视察南普陀寺，方丈圣辉大和尚率两序大众进行了接待。江泽民欣然挥笔为南普陀寺题写了“千年古刹南普陀，大乘精神利有情”的题词。
9月6日，国家外经贸部副部长马秀红一行前来南普陀寺参访。
9月16日至21日，韩国佛教修行体验团来南普陀寺进行修学体验，修行体验团由20位比丘、19位比丘尼共39人组成，比丘尼暂住于闽院女众部。
9月25日，中国佛教协会会长一诚法师、常务副会长圣辉法师、副会长明生法师等率领150多名僧人赴新加坡求受三坛大戒，从厦门机场乘坐国际航班前往新加坡。闽院共有男众15位、女众40位赴新加坡求受三坛大戒。10月21日，返回厦门。
10月17日，中共中央政治局常委、全国政协主席贾庆林在省市领导陪同下视察南普陀寺。
11月13日，由厦门大学佛学研究中心、中国佛教文化研究所、闽南佛学院、厦门大学哲学系联合举办的“佛学研究方法与佛教文化建设”学术研讨会开幕式在厦门大学嘉庚主楼会议室举行。会议由厦门大学人文学院副院长徐梦秋教授主持，厦门大学校长朱崇实，闽院院长圣辉法师，中国佛教文化研究所所长杨曾文教授，厦门大学哲学系主任詹石窗教授，台湾学者代表李志夫教授等先后在开幕式上发言。11月14日下午，学术研讨在南普陀寺讲堂举行闭幕式。闽院教务长传明法师对会况进程作了总结汇报。出席本次会议的法师、教授共100多人，分别来自大陆、台湾、香港、澳门等，提交论文40余篇。
11月13日晚，应闽院教务长传明法师邀请，来参加“佛学研究方法与佛教文化建设”学术研讨会的台湾南华大学人文学院院长慧开法师，为闽院师生作题为“东西方生死观的比较”讲座。
11月14日晚，应闽院邀请，参加“佛学研究方法与佛教文化建设”学术研讨会的台湾中华佛学研究所所长李志夫教授，为闽院师生作题为“佛学研究基本方法——从‘概念’谈起”的讲座。
11月29日，全国政协民族和宗教委员会“散杂居民族工作”考察组一行十余人，由全国政协委员、民族和宗教委员会副主任巴桑（女，藏族）带队来南普陀寺考察。
12月4日，由西藏自治区政协副主席、佛协西藏分会会长珠康?土登克珠任团长，区党委统战部常务副部长、区民宗委党组书纪阿塔任副团长的爱国宗教界人士赴内地参观团一行29人，在省统战部人员的陪同下参访南普陀寺。
12月12日，南普陀寺以界象法师为团长、果君法师为副团长、市民宗局副局长蔡永华为顾问的法务团一行60人，前往新加坡参加“水陆法会”。
2005年
1月18日，香港大屿山宝林寺方丈圣一老和尚在众弟子的陪同下前来南普陀寺参访。
2月12日，国务委员兼国务院秘书长华建敏携夫人前来南普陀寺视察。南普陀寺代住持则悟法师率两序大众，陪同省市民宗委（局）、市佛协领导到寺前迎接。
2月14日，全国政协副主席胡启立及夫人等一行数人前来南普陀寺视察。
2月15日，最高人民检察院检察长韩杼滨前来南普陀寺视察。南普陀寺监院界象法师和照性、妙真等法师接待并陪同参观。
3月14日，全国政协副主席徐匡迪一行在省、市主要领导人的陪同下来南普陀寺视察。
3月29日，新加坡阿裕尼集选区国会议员兼政府国会人力委员主席杨木光先生、新加坡龙山寺住持传建法师等一行在泉州市鲤城区统战部陈副部长、泉州开元寺监院法一法师的陪同下前来南普陀寺参访。
4月11日，澳大利亚新南威尔州议员代表团在侨外委、市外办等领导陪同下来南普陀寺参访。
4月18－20日，以新加坡佛教总会主席惟俨大和尚、副主席李木源居士为团长、副团长的“新加坡佛教总会访华交流团”一行十余人到南普陀寺参访。
5月17日，韩国天台宗釜山三光寺主持道圆法师等一行来南普陀寺参访。
5月22日，中国人民解放军副总参谋长熊光楷一行前来南普陀寺参访。
5月20—30日，闽院第九届本科全体毕业学僧赴河南、陕西参学。
6月15日，闽院举行第九届毕业典礼，共毕业男女二众本科学僧117名，为闽院历届毕业生中人数最多的一届。
8月15日，厦门、金门佛教界纪念中国人民抗日战争暨世界反法西斯战争胜利60周年祈祷和平法会在来南普陀寺寺举行。
8月23日，泰国朱拉隆功佛教大学代表团前来南普陀寺寺参访，并送朱拉隆功佛教大学国际秘书素达拉?班套昆女士到闽院留学。
8月25日，台湾红十字组织参访团一行6人在红十字会总会秘书长郝龙斌先生的带领下前来来南普陀寺慈善基金会视察交流。
8月28日，全国政协副主席李兆焯与其随行人员前来南普陀寺视察。
9月18日，台湾亲民党主席宋楚瑜来南普陀寺参访，方丈圣辉大和尚率两序大众和学院主要负责人进行接待。
10月28日，闽院80周年院庆大典在厦门市人民会堂隆重举行。参加典礼的有国家、省、市宗教局及各级佛教协会的主要领导，有大陆、港、澳、台及海外的大德长老等嘉宾，有各兄弟院校的法师，以及闽院历届校友与在校的全体领导、师生等数千人。
10月29日，中国佛教协会常务副会长、闽院院长圣辉大和尚三届方丈任满，在佛教四众弟子的虔诚礼请下，晋升为南普陀寺法主和尚。
同日，隆重举行则悟法师荣膺南普陀寺第十二任方丈升座庆典。则悟和尚，原任闽院教导长、南普陀寺监院、市佛协副会长兼秘书长等职。
10月29日—11月1日，第三届中韩佛教音乐学术研讨会开幕式在南普陀寺举行，研讨会由中国佛教协会、中央音乐学院“佛教音乐文化研究中心科研处”与韩国国乐学会主办，南普陀寺承办。代表有来自香港、台湾及全国各地各所高等艺术院校的五十多位音乐专家、教授及学者。
11月19日，以西藏自治区人大常委会主任向巴嘎登为团长、副主任鄂积恩为副团长的西藏自治区宗教界爱国人士（活佛）参观团前来南普陀寺参访。陪同前来的有全国人大、福建省统战部和厦门市统战部的有关领导。
12月1日，国家宗教事务局四司副司长、宗教研究中心副主任张训谋先生带领局部分成员前来来南普陀寺寺调研。省市民宗委（局）有关领导全程陪同。南普陀寺方丈则悟大和尚和知客德煌法师接待。
2006年
1月1日，香港特别行政区长官曾荫权先生带团前来南普陀寺参访。
1月5日，美国南加州福建同乡会访闽团一行11人前来南普陀寺参访。
1月31日，中国涂料工业协会副理事长江磐女士携家人等一行来南普陀寺参观。
2月28日，原国家安全部王部长携夫人来南普陀寺参访。
3月1日，国家卫生部副部长王陇德与国家卫生应急办公室副主任李建国、福建省卫生厅厅长杨平及其随行数人在厦门市卫生局长黄如欣、厦门市中医院党委书记陈进春陪同下前来南普陀寺参访。
3月5日，江苏省民宗厅主要领导一行数人在福建省民宗厅、厦门民宗局领导的陪同下来南普陀寺参访。
3月13日，重庆市民宗委组织佛教考察学习团前来南普陀寺考察，受到南普陀寺方丈则悟大和尚接待。
3月20日，福建省民族与宗教事务厅纪检组王志明组长与办公室兰伟主任，在市宗教局一处苏人登处长的陪同下，来南普陀寺视察。
4月4日，应新加坡佛学院的要求，在南普陀寺设立招生考场，南普陀寺全力配合协助其工作，新加坡方面有教务长传贤法师、副教务长传诚法师、教务主任传静法师、总干事吴毅进居士、光明山人事部负责人钟志成居士来南普陀寺进行具体的招生工作。
4月7日，全国人大常委副委员长许嘉璐及其夫人一行19人来南普陀寺，与方丈则悟大和尚在普照楼会谈。
4月9日，世界华僧会会长、台湾净心长老与其随行人员共9人参访南普陀寺。
5月6日，以界象法师为代表的闽院代表团参加5月7日至5月10日在泰国曼谷举行为庆祝释迦牟尼诞生、成道、涅槃纪念日。庆祝泰国国王登基60周年的第三届联合国国际卫塞节世界佛教大会，此次会议由泰国政府、泰国朱拉隆功佛教大学主办。
5月23日，以台湾中国佛教会会长净良长老为团长的“鼓山在台法系回山朝礼团”一行五百余人，在福建省佛教协会秘书长本性法师的陪同下前来南普陀寺友好交流访问，受到南普陀寺则悟大和尚及两序大众的欢迎。
6月23日，闽院举行第三届研究生毕业论文答辩会，明坤、恭融、若宽、德进等4位同学论文获得通过。
8月1日，福建省民族与宗教事务厅副厅长黄茂华一行在市民宗局领导的陪同下来南普陀寺进行安全检查。南普陀寺监院界象、大知客妙真、衣钵智觉等法师陪同检查工作。
8月9日，航天英雄杨利伟一行十余人前来南普陀寺参访。
8月10日，原财政部长刘仲藜一行6人来南普陀寺参访。
8月29日，日本僧团6人应中国佛教协会邀请，由日本“日中韩国际佛教交流协议会” 委派，来华在南普陀寺体验修行10天，9月7日圆满结束回国。
9月6日，卫生部副部长兼保健局局长黄洁夫先生和卫生部国际司副司长王立基先生等前来南普陀寺视察。
9月10日，前来参加第十届中国国际投资洽谈会的西藏自治区人民政府邓小刚副主席一行，在市民宗局苏国成副局长、苏人登处长的陪同下参访南普陀寺。
9月15日，福建省慈善大会在福州隆重举行，南普陀寺慈善会荣获“八闽慈善奖”，办公室副主任正兴法师代表南普陀寺参加大会，陈芸副省长为其颁奖。
9月16日，“闽南佛学院青年佛学进修班”在南普陀寺慈善楼会议室举行开学典礼。
10月19日，福建省民宗厅厅长王聚仁一行在市民宗局蔡永华副局长的陪同下前来南普陀寺调研。
同日，全国政协常委、青海政协副主席、青海佛协会长西纳?洛桑旦贝坚赞活佛在福建省委办公厅，厦门市政协、市民宗局、市佛协有关领导的陪同下来南普陀寺视察。
10月21日，由金门佛教理事会发起，会同南普陀寺举办的“两岸和平消灾祈福水陆法会”在南普陀寺举行开幕式，随后以南普陀寺法主圣辉大和尚、方丈则悟大和尚为首的一行57人的法务团赴金门参加法会。
同日，越南人民军总政治局主任黎文勇上将率领的军事代表团在厦门市、思明区武装部领导的陪同下参观访问南普陀寺。
10月29日，应澳门中华妈祖基金会邀请，由中国佛教协会常务副会长圣辉大和尚为首组织代表团60人应邀参加“祈福祭典妈祖法会”活动，其中南普陀寺以传明法师为团长、德煌法师为副团长等30人组团参加。
11月2日，厦门市佛教协会召开第七届代表大会，进行换届选举。市民宗局陈建德局长等领导亲临指导。中国佛教协会副会长、市佛教协会会长圣辉大和尚致开幕辞，并主动要求退职让贤。大会通过选举产生新一届领导班子，一致推举则悟方丈为会长，定恒、界象、法源（女）、法云、开敏（女）诸法师及蔡友益居士等为副会长，净心法师为秘书长、了法法师为咨议委员会主任。
11月3日，十一世班禅的母亲桑吉卓玛及其亲属一行数人在国管局王唤新副处长、福建省统战部民宗处调研员饶秀梅等人的陪同下参访南普陀寺。
11月7日，新加坡毗卢寺方丈慧雄大和尚率新加坡、印尼两地信众60余人参访南普陀寺。同行的还有台湾孔雀明王山开山住持见如长老和上海静安寺老方丈德悟长老。
11月11日，国务院副秘书长、机关事务管理局焦焕成局长在福建省省政府副秘书长、机关事务管理局局长彭照杉、市政府秘书长蔡寿国等陪同下参访南普陀寺。
11月29日，广州市委统战部副部长、市民宗局王德坤局长，广州市六榕寺方丈法量大和尚、广州市大佛寺住持耀智法师、广州市书法家协会主席连登先生等一行50余人来南普陀寺考察。
12月4日，韩国BBS汉城佛教电视台安炳录局长、性观法师、惠仁法师（尼）一行数十人参访南普陀寺。
12月5日，西藏自治区拉萨市统战爱国人士以拉萨市政协副主席、市委统战部长尼玛旺堆为团长组成的赴内地参观团一行32人参访南普陀寺。
12月10日，中共中央统战部边巴扎西一行33人来南普陀寺参访。
12月19日，新加坡光明山普觉禅寺广声大和尚一行19人参访南普陀寺。
同日，原浙江省省长葛洪升先生一行8人来南普陀寺参访。
12月23日，日本著名学者牧田谛亮先生参访南普陀寺，在教务室与闽院法师座谈交流，由闽院常务副院长界象法师主持座谈会。参加座谈会的有闽院领导，以及学院各班班主任、任课法师。
是月，南普陀寺木质结构大雄宝殿连年屡受白蚁侵蚀，常住筹集巨资决定全面拆旧重建。
12月27日，南普陀寺周边地区景观控制规划正式出台，周边50米以内将不得建超过18米高的楼房，紧邻建筑限高12米。
根据规划，南普陀寺平面控制确定“三圈一廊一线”。其大意为：结合现状道路划定控制区，第一圈指紧靠南普陀寺的50米范围内建筑高度控制为18米；第二圈以距离南普陀寺200－300, 米为标准，建筑高度控制为36米；第三圈以距离南普陀寺500－600米为标准，建筑高度控制为50米。
2007年
1月5日，继去年９月天王殿修缮后，南普陀寺主体建筑之一的大雄宝殿修缮工程正式动工。
1月6日，经中国佛教协会批准，闽院法缘法师前往日本佛教大学，以访问学者身份学习一年。
1月9日，南普陀寺慈善会在“中华慈善事业突出贡献奖暨第二届中华慈善人物颁奖大会”上被授予“中华慈善事业突出贡献奖”。南普陀寺慈善会副会长慧然法师出席了颁奖大会。
1月13日，复旦大学EMBA2006秋季班80人来南普陀寺参访，则悟大和尚于讲堂为来宾作开示。
1月18日，台中市议会厦门市市政考察团一行26人（其中有台湾各主要政党人士）在厦门市委陈修茂副书记、市人大常委会杜明聪副主任、宣传部洪碧玲部长等领导的陪同下，前来南普陀寺参访。
1月25日，《世界佛教报》诗洋社长一行来南普陀寺参访。
1月30日，南普陀寺慈善会普陀、德鸣和觉明等法师到本市灌口镇敬老院、同安区凤南麻风病院慰问孤寡老人和麻风病人，为他们送去新年的礼品和慰问金。
2月22日，中国国际战略协会会长熊光楷上将携家人一行8人来南普陀寺参。
3月2日，日本堺市南宗禅寺本源院住持小野云峰长老一行在华侨博物馆丁炯淳院长及厦门大学庄景辉教授的陪同下参访南普陀寺。方丈则悟大和尚等在普照楼接待。
3月17日，南普陀寺特邀厦门市城市规划设计研究院王唯山院长在法堂举办《南普陀寺周边地区景观控制规划研究》的专题讲座。
3月25日，南普陀寺新建的功德楼项目启动，预计5个月内完工。南普陀寺西片区总占地面积8400余平方米，地面建筑包括一座二层楼高的新功德楼、五层楼高的上客堂及停车场、绿化带等，整体工程耗资1500万元。新功德楼项目将参照现功德楼的风格、遵循“修旧如旧”原则进行建造。西片区主体建筑在选材及色泽等方面都将与寺院建筑群风貌一致。
3月31日，肯尼亚中国旅行社总经理张远翔先生携夫人在市民宗局苏人登处长、大知客德煌法师的陪同下参访南普陀寺。
4月1日（农历二月十五日），逢释迦牟尼佛涅槃纪念日，“台湾嘉义县竹崎乡文丰村大坑凌云岩朝拜团”一行150人在乡长王焜弘带领下来南普陀寺进香。
4月5日， 由法鼓山文教基金会(香港分会)组织的“福建禅宗溯源之旅”一行44人参访南普陀寺。
4月14日(农历二月二十八日)，四众弟子数百人聚会南普陀寺，举行重建大雄宝殿上梁典礼法会。
同日，吉林省民宗厅及省佛教协会考察团一行7人到南普陀寺参访。
4月19日，厦门市慈善总会在厦门宾馆明宵厅召开厦门市2005-2006年“慈善一日捐”总结表彰大会。南普陀寺获“先进单位”奖牌。
4月24日，南普陀寺慈善会常务副秘书长普陀法师和德鸣、慧暄法师代表慈善会向厦门市特殊教育学校赠送20台15寸液晶电脑和1套德育书籍，总价值12．4万元。
4月26日，三明市民宗局张敦聪局长一行，在市民宗局曾文瑛副局长、苏人登处长的陪同下来南普陀寺参访。
4月27日, 西藏自治区党委副书记张裔炯携夫人、秘书，以及省委办公厅副巡视员郑开训、省委办接待处调研员副处长毛文航一行在市委副秘书长何秀珍、组织部长黄笑影、民宗局陈建德局长的陪同下来南普陀寺参访。
同日，日本相声界法师海名老香叶子女士，林家一平法师，林家胜丸法师在南普陀寺讲堂作精彩表演。
5月1日，南普陀寺举办第一届海峡两岸 “温馨之夜”传灯祈福法会，法会的主题为“祈祷和平，传递和谐”。此次法会请南普陀寺法主圣辉大和尚为名誉主法，方丈则悟大和尚为主法，金门佛教会理事长性海大法师和澎湖佛教会理事长心舫长老为主礼嘉宾，邀请社会各界人士及全寺僧众千余人共同参与传灯，共同祈愿世界和平、两岸民众安居乐业。
同日，国家财政部预算司司长李萍女士一行在厦门市财政局局长黄强，市民宗局副局长曾文瑛等人的陪同下来南普陀寺参访。
5月2日，参加海峡两岸“温馨之夜”传灯祈福法会的《世界佛教报》董事局主席汪致重（汪道涵之子）、《世界佛教报》社长诗洋，香港《文汇报》“和谐人生”主编富义、资深记者刘宝珠女士一行参访闽院女众部紫竹林寺。
5月4日，佛光山心定和尚应南普陀寺的邀请在寺内讲堂为闽院法师、常住僧众、学僧及居士作“生命的工程师”演讲。
5月12日，日本大谷大学木村宣彰教授、八木孝枝课长在翻译林观潮先生等人的陪同下，参访闽院女众部紫竹林寺。
5月26日—29日，闽院净心、超波、戒斌三法师，代表闽院出席在泰国曼谷佛统府和联合亚太会议中心举行的“第四届联合国国际卫塞节世界佛教大会”。
5月28日，以市民宗局局长陈建德，市佛教协会会长、南普陀寺方丈则悟大和尚，副会长定恒法师、法云法师，常务理事世澄法师，副秘书长能元法师及李建群居士、林钦铅居士等组成的厦门佛教代表团前往新加坡参加佛牙寺龙华院举办的庆祝卫塞节（2551）庆典。
6月3日，由中共中央组织部安排来厦门挂职的内蒙古自治区通辽市少数民族干部一行9人在市民宗局局长助理赵布和等人的陪同下前来南普陀寺参访。
6月6日，凤凰卫视控股有限公司主席及行政总裁刘长乐一行参访南普陀寺。
6月16日，闽院第十届本科班暨第四届预科班毕业典礼，在南普陀寺讲堂举行。
同日，闽院院长圣辉大和尚在法主楼热情接待了应邀前来参加闽院毕业典礼的泰国朱拉隆功佛教大学秘书长（校长秘书）帕窟爸兰。闽院常务副院长界象法师、办公室主任净心法师等陪同接待了来访嘉宾。
6月24日，台湾知名人士、台湾台商服务总会会长廖正豪先生与部分爱好佛教的台湾人士一行20余人来南普陀寺参访，方丈则悟大和尚接待。
6月27日，南普陀寺方丈则悟大和尚随带正兴、德鸣、通灵诸法师及义诊院医师，前往闽西龙岩上杭畲族乡开展慈善活动。
7月7日，参加“2007年两岸侨联和平与发展论坛”的代表约500人在市民宗局一处苏人登处长的陪同下参访南普陀寺。
7月17日，南普陀寺慈善会普陀、果妙、果瑞、静仁四位法师参加厦门市慈善总会在同安区莲花镇召开的“2007年五保老人助养金发放仪式”，由我会捐助6万元，资助莲花镇、五显镇和大同街道的100位孤寡老人。
7月19日，福建省民宗厅副厅长黄茂华、省委统战部林尊海处长、省民宗厅政治处刘培芝副处长、省政协民宗委办公室凌冰主任等一行在厦门市民宗局林东旭、黄思坚两位调研员的陪同下参访闽院女众部紫竹林。
7月22日，圣辉大和尚随带慈善会正兴、果妙等法师前往郴州市汝城县文明乡参加秀水片小学，捐助15万元协助重建。次日上午，乘车转往永州灾区，送去赈灾善款15万元。
7月25日，中央中宣部外办领导在厦门市民宗局副局长苏国成等人的陪同下来南普陀寺参访，方丈则悟大和尚接待。
8月3日，“2007中华青年民族学习交流营”一行43人在国家民族事务委员会港澳台侨办公室副主任蓝海滨、中华青年进步协会会长施家伦的带领下来南普陀寺访问交流。方丈则悟大和尚接待。
8月13日，江苏省民宗厅副巡视员马冬青女士带领当地“佛教院校建设研讨班”一行30余人来闽院座谈交流。
8月25日，南普陀寺慈善会举办助学活动，由普陀、正兴、果妙三位法师向贫困大学生发放助学款。这是南普陀寺今年通过《厦门日报》资助的本市第一批应届大学新生。
8月28日，南普陀寺慈善会慧然、果妙法师到云南省普洱市宁洱县哈尼族彝族自治县新平村和太达村，慰问在6月3日遭遇地震的受灾群众。
9月2日，南普陀寺慈善会在寺本部向贫困大学生发放助学款，这是我会今年通过《厦门日报》资助的本市第二批应届大学新生。
9月13日，由闽院、香港《文汇报》、厦门大学联合举办的“2007中国佛教公众形象主题论坛”在南普陀寺讲堂举行。本次论坛旨在研讨如何加强中国佛教自身建设，使中国佛教的社会公众形象适应世界形势的发展，更好地为构建和谐社会发挥积极作用。参加会议的有：中国佛协副会长圣辉大和尚、重庆市佛协会长惟贤长老、台湾“中国佛教会”理事长净良长老、台湾观音寺方丈明乘长老、厦门大学朱崇实校长、香港《文汇报》社长助理王陶先生、国务院新闻局吴帆局长、中央统战部一局朱越利局长、厦门民宗局陈建德书记、北大哲学系楼宇烈教授、中国社会科学院世界宗教研究所黄夏年研究员、复旦大学王雷泉教授、新加坡天竺山毗卢寺方丈慧雄法师、香港三德弘法中心主席净雄法师、台湾佛教联合会莲海法师、福州鼓山涌泉寺方丈普法法师、九华山佛学院延续法师、贵州弘福寺方丈心照法师、厦门南普陀寺方丈则悟法师等，还有来自全国各地的50多位大德法师、30多所知名学府的教授学者参加了本次论坛。
9月14日，在厦门佛教协会常务副会长定恒法师、副会长法源法师的带领下，南普陀寺僧众、闽院师生、厦门各寺庙负责人及护法居士前往厦门和平码头列队恭候早期闽院毕业生台湾慈航和尚法像归来。
9月15日，以传明法师为团长的闽院代表团赴泰国参加为庆祝Mahachula朱拉隆功佛教大学校长达玛库塞迦博士诞辰举行的庆典，并进行两国佛教学院之间的法谊交流。
9月16日，“海内外佛教界公祭炎帝祈福世界和谐大典”在湖南炎帝陵隆重举行。中国佛教协会副会长、湖南省佛协会长、闽院院长圣辉大和尚，厦门市佛协会长、南普陀寺方丈则悟大和尚，厦门市佛协常务副会长定恒法师，厦门市民宗局副局长蔡永华，闽院常务副院长、南普陀寺监院界象法师，教导长达源法师，办公室副主任界凇法师，副教务长法源法师，副教导长超波法师以及各新生班主任和闽院2007年级本科、预科男女众新生200名出席本次大典。
同日，闽院2007级新生爱国主义教育参学团全体成员在市民宗局蔡永华副局长，闽院达源、界凇、超波等法师，以及各新生班主任法师的带领下离开炎帝陵前往中国革命的摇篮井冈山革命根据地参访。
9月23日，全国人大常委副委员长许嘉璐携夫人在福建省人大常委会副主任林强和夫人以及厦门市委书记何立峰，市人大常委会副主任杜明聪、陈昭扬，市民宗局局长曾文瑛等陪同下参访南普陀寺，与方丈则悟大和尚等座谈。
9月28日，南普陀寺慈善会普陀、通灵两法师启程往广西参加“援建广西恭城县嘉会乡鸭塘小学教学楼”捐款仪式。向该校捐助善款15万元，帮助鸭塘小学新建教学楼。
10月9日，南普陀寺慈善会会长圣辉大和尚随带慧然、普陀、德鸣、定通、静仁诸法师，参加厦门市翔安区许厝小学教学楼捐建仪式，向许厝小学捐助善款15万元。
10月19日，新疆维吾尔族自治区政协副主席朱振中先生一行16人在市民宗局一处苏人登处长的陪同下参访南普陀寺。
10月27日，闽院邀请新加坡企业心理发展学院院长、国际企业管理心理学法师、智慧管理科学传播法师云威铭博士为学僧们做题为《e时代心理学——从心开始》的专题讲座。
11月3日，著名女作家陈慧瑛女士应中华儿女荣誉董事会和南普陀寺之邀在寺内讲堂作《文学?人生?禅》专题讲座。
11月11日至15日，厦门市民宗局党组书记陈建德、市民宗局处长苏人登、闽院教务长传明法师、教导长达源法师一行四人组团前往九华山、普陀山佛学院考察访问。
11月12日，“深圳金活医药集团向厦门南普陀寺慈善会捐赠药品仪式”在南普陀寺慈善会举行。仪式由慈善会办公室副主任正兴法师主持。参加捐赠仪式的有常务副会长慧然法师、常务副秘书长普陀法师、慈善处负责人德鸣法师及深圳金活医药集团董事长赵利生、厦门医药采购供应站总经理吴国庆等。
11月15日，中华全国总工会副主席、党组副书记乔传秀女士一行数人来到南普陀寺参访，方丈则悟大和尚接待。
11月22日，中共中央统战部二局局长袁沙先生一行60多人参访南普陀寺。
11月23日，前中共中央政治局常委、全国政协主席李瑞环及夫人在福建省委书记卢展工、厦门市委书记何立峰、市长刘赐贵等省市领导的陪同下来南普陀寺视察。方丈则悟大和尚携南普陀寺主要班首执事等接待。
12月7日（农历十月二十八日），南普陀寺举行妙湛老和尚圆寂12周年祭礼，全体僧众及闽院全体师生怀着虔诚、感恩的心于妙老舍利塔前诵经、祭奠，方丈则悟大和尚主法。
12月9日，南普陀寺方丈则悟大和尚及闽院教务长传明法师应邀出席于浙江省奉化市溪口银凤度假村举行的“纪念太虚法师圆寂60周年学术研讨会”，则悟大和尚在会上作《浅谈太虚法师与南普陀》专题发言。此次研讨会由浙江奉化市民宗局、奉化市佛教协会、奉化弥勒研究会、雪窦山资圣禅寺、《中国民族报?宗教周刊》联合举办。
12月15日，南普陀寺与厦门大学管理学院联合举办以禅修和宗教体验为主题的“一日禅活动”，数十名大学生在班主任带领下到南普陀寺禅堂参加禅修活动。
同日，应上海复旦大学佛学研讨中心、学源俱乐部禅学会的邀请，南普陀寺济群法师在该校光华楼辅楼举办佛学讲座，复旦大学60多名师生参加。
12月21日，中国建设银行行长张建国在建行厦门市分行有关领导陪同下到南普陀寺参访，方丈则悟大和尚接待。
12月24日，西藏十一世班禅活佛莅临南普陀寺，方丈则悟大和尚和佛协领导率领两序大众及闽院师生在天王殿前迎接。
12月28日，南普陀寺慈善会正兴、果妙两法师赴安徽省太湖县，参加“南普陀寺慈善会援建太湖县朴初小学捐赠仪式”，向该校捐赠10万元。
2008年
1月22日，泰国朱拉隆功大学清迈分校副校长Phramaha Boonchuay一行到闽院女众部紫竹林寺参访。
2月2日，中央人民政府驻香港特别行政区联络办公室周珊珊副部长在厦门人民政府新闻办公室陈相华主任科员的陪同下到南普陀寺参访，知客德煌法师、法尊法师接待。
2月4日，南普陀寺慈善会向湖南郴州雪灾区捐款10万元。
同日，原全国政协副主席陈锦华到南普陀寺参访，方丈则悟大和尚接待。
2月17日，泰国朱拉隆功佛教大学秘书长沙威法师应邀前来参加闽南佛学院开学大典礼，闽院院长圣辉大和尚接待。
2月18日，“促和谐 迎奥运 献爱心 厦门佛教界为灾区人民重建家园、恢复生产现场捐款大会”在南普陀寺天王殿前举行。
2月25日，在澳门无量寿功德林住持戒晟法师的带领下，“澳门无量寿功德林朝圣团”一行45人前来南普陀寺朝拜，副寺德煌法师接待。
2月27日，泰国大塔寺代表一行护送泰文《大藏经》赠送闽院。
2月28日，日本京都高台山方丈寺前和尚、水上逸朗社长一行参访南普陀寺。
3月6日，南普陀寺慈善会向重庆武隆三溪希望小学捐赠液晶电脑30台及部分桌椅。
3月10日，南普陀寺慈善会普陀法师启程前往江西省抚州市临川灾区，为遭受雨雪冰冻灾害的100户灾民送去5万元的救灾款。
3月12日，中国治理荒漠化基金会理事长安成信先生及理事长助理陈斌先生一行在厦门市民宗局沈仲勇调研员的陪同下参访南普陀寺，方丈则悟大和尚等人接待。
3月21日，云南省宗教事务局熊胜祥局长一行5人在市宗教局蔡永华副局长等人的陪同下，到闽院参访调研。
3月26日，台湾佛卫电视慈悲台的朝圣团在心田长老的带领下到南普陀寺参访。方丈则悟大和尚、法尊法师等人接待。
4月4日，原志愿军兵团政治部主任裴周玉将军一行来南普陀寺参访，知客法尊法师、源提法师接待。
4月12日，国家科技部副部长曹健林、高新司司长冯记春等一行在厦门大学朱崇实校长、张颖副校长等人的陪同下到南普陀寺参观，方丈则悟大和尚接待。
4月20日，南普陀寺慈善会普陀、静仁等法师前往云南省红十字会，参加“援建云南省香格里拉县东旺跃进博爱小学捐赠仪式”，并赠送15万元建校款。
4月22日，闽南佛学院组织编写的《闽南佛学院教学大纲汇编》（上、下册）出版。这是目前我国佛教高等院校第一部课程教学大纲。
4月23日，新加坡龙山寺兼厦门普光寺住持传健大和尚到南普陀寺拜会圣辉大和尚。
5月10日，南普陀寺与福建省泷澄风景园林有限公司签订《五老峰南坡风景林景观改造施工协议书》。由寺方出资108万元对后山南坡山地共74.1亩范围进行风景林景观改造，按规划栽种100多种景观林木与花丛共5万多株（丛），工程自2008年5月15日开始，预计工程300日完成。
5月13日，南普陀寺监院界象法师、慈善会常务副会长慧然法师前往北京灵光寺，为缅甸灾区送去救灾善款50万元，灵光寺方丈常藏大和尚接待。
同日，以定恒法师为团长、了法法师为副团长及市民宗局钟晓波先生一行11人组成的闽南佛学院代表团赴越南出席“第五届联合国卫塞节国际佛教大会”。
同日，“厦门市佛教界、南普陀寺为四川汶川大地震诵经超度祈福大法会暨捐赠仪式”在南普陀寺大雄宝殿内举行。市民宗局党组书记陈建德、副局长蔡永华，方丈则悟大和尚，慈善会常务副会长慧然法师以及厦门各寺庙代表等出席了捐款仪式。
5月19日，为期两天的闽南佛学院“献爱心 慈悲行”蜀地赈灾书画义卖活动在南普陀寺天王殿外正式举行。厦门书法家协会副主席李诗斌、中国美术家协会会员黄福坤、中国画创作室刘守信等知名书法家参与此次书画义卖活动。
5月25日，国家工商行政管理总局党组书记、局长周伯华一行十余人前来南普陀寺参观，方丈则悟大和尚等人迎接。
6月11日，南普陀寺慈善会定通、德鸣、静仁等法师一行前往福建省福鼎市，参加“援建福鼎市贯岭中心小学捐赠仪式”，向该小学捐赠15万元建校款。
6月14日，南普陀寺与厦门大学管理学院联合举办以禅修和宗教体验为主题的“一日禅”活动。
6月18日，闽南佛学院举行第四届研究生毕业论文答辩会，果波、明法、乘一、印深、圣钦等5位学僧通过答辩，荣获硕士研究生学位。
6月20日，南普陀寺慈善会普陀、果瑞、静仁等法师一行前往福建省松溪县，参加“助建松溪县长江村饮水工程捐款仪式”，为松溪县长江饮水工程捐助5万元善款。
6月23日，南普陀寺修建性详细规划项目领导小组在闽院教务处召开磋商讨论会议。方丈则悟大和尚，厦门市民宗局二处黄镇辉处长、钟晓波先生，厦门市城市规划设计研究院王唯山院长以及南普陀寺主要班首执事参加了本次会议。
7月3日，湖里区民宗局、禾山街道、枋湖社区等相关部门在觉性院召开会议，区民宗局领导宣布南普陀寺副寺兼书记德煌法师正式住持觉性院。
7月5日，复旦大学宗教研究所所长王雷泉教授（闽南佛学院研究生导师）带领复旦大学学员来南普陀寺参学。
7月18日，南普陀寺慈善会正兴、果妙法师前往北京，与中华慈善总会王力主任一同前往内蒙古巴林右旗大板蒙古族实验小学，慈善会向大板蒙古族实验小学捐赠15万元建校款。
9月4日，台湾省的10多数位红十字会成员在福建省、厦门市红十字会领导的陪同下，到南普陀寺参观。
9月7日，国台办领导王毅主任、中央台办经济局徐莽局长、中央台办交流局戴肖峰局长、中央台办交流局李京文处长、中央台办经济局李一强副处长等一行在福建省副省长陈桦、省委副秘书长谢仰俊等人的陪同下来南普陀寺参观。
9月13日，中国红十字会常务副会长江亦曼女士在福建省红十字会常务副会长黄毅敏、厦门市红十字会常务副会长皮卫平、厦门市红十字会副会长兼秘书长李明珠的陪同下到南普陀寺参访。
10月6日，正值“九?九重阳节”来临之际，南普陀寺慈善会常务副会长慧然法师和德鸣、通灵、静仁诸法师来到厦门市老年活动中心，向该中心爱心护理院捐赠善款15万元。
10月10日，南普陀寺慈善会法师德鸣、果瑞、静仁一行前往福建省大田县，参加“慈善会向大田县朱坂小学捐赠电脑仪式”，向朱板小学捐赠价值13.4万元的电脑及电脑桌。
10月18日，南普陀寺首座、太虚图书馆馆长了法法师住持浙江省乐清市雁荡山能仁禅寺并举行了晋院庆典。
10月25日，南普陀寺方丈则悟大和尚应邀在由厦门市人民政府国有资产监督管理委员会、厦门市政协文史和学习宣传委员会、厦门总商会主办的“改革开放30周年与海峡西岸经济区企业改革发展高峰论坛”上作题为《禅与人生》的佛学讲座，
11月4日，湖南省宗教事务局机关党委专职副书记肖妙秋、一处处长唐子建、办公室调研员莫树林、办公室副主任刘仁贵、办公室副主任曾增等一行来南普陀寺及闽院参观学习。
11月20日至21日，由中华宗教文化交流协会、中国佛教协会、中国人民大学佛教与宗教学理论研究所主办的“灾难危机与佛教慈善事业暨第二届宗教与公益事业论坛”在南普陀寺召开。
11月22日，泰国僧王秘书、丹麦泰王寺住持参访闽院，与闽院常务副院长界象法师、副院长法源法师、院长助理兼教务长传明法师、教导长达源法师、办公室副主任悟源法师、副教导长超波法师在教务处进行座谈。
12月1日，中国国民党台中市党部主任委员张逸华一行到南普陀寺参观。
12月4日，辽宁省丹东市副市长孙殿东、丹东市宗教事务局副局长白国华、东港市副市长于安居、东港市民宗局局长张文良、东港市地藏寺监院宣觉法师、凤城市双泉寺住持觉一法师等一行到南普陀寺参访。
12月5日，南普陀寺方丈则悟大和尚、厦门市佛教协会常务副会长定恒法师、闽南佛学院教务长传明法师、厦门大学哲学系主任刘泽亮教授等一行6人启程前往湖南长沙，参加由湖南省佛教协会主办的“船山佛教文化研究中心成立庆典暨学术研讨会”。
12月8日，国务院新闻办杨秀华处长、国务院新闻办满斌先生、外文局北京周报社龙敏女士、外文局人事部王飞先生、外文局今日中国杂志社孟飞先生、中国外文局事业发展部李德芬女士、中央编译局孙成条先生、中央编译出版社贾宇琰先生等一行10余人到南普陀寺参观。
12月10日，厦门市委统战部欧阳建部长在市民宗局陈建德书记的陪同下到南普陀寺参观指导工作，方丈则悟大和尚、大知客法尊法师接待。
12月19日，福建省慈善总会召开表彰大会，南普陀寺慈善会获评“慈善先进单位”。会议聘请圣辉大和尚为福建省慈善总会第二届理事会高级顾问，选举常务副会长慧然法师为福建省慈善总会第二届理事会理事。
12月21日，南普陀寺新建功德楼正式投入使用。
12月23日，厦门思明区政协主席江韵兰、海沧区政协主席许成福、市政协提案委主任张仁苇、市民宗局局长曾文瑛等一行来南普陀寺参观，方丈则悟大和尚接待。